Классическая онтология всегда была связана с теорией познания, выступая фундаментальной основой тех или иных гносеологических концепций. Однако постепенно положение меняется, и гносеологическая проблематика выдвигается вперед, оттесняя онтологию на задний план. Уже в поздней схоластике намечается поворот от онтологии как метафизики бытия к учениям о бытии познаваемых объектов (универсалий, чисел, геометрических фигур и др.). В философии Нового времени проблема онтологического статуса объектов научного познания становится наиболее важной частью учений о бытии, призванных прежде всего не столько обосновать, сколько объяснить те или иные гносеологические конструкции. Онтология рационализма Нового времени становится зависимой от гносеологии (Декарт, Спиноза, Лейбниц), а онтология эмпиризма — от методологии науки (Локк, Юм).
Окончательное размежевание с классической онтологией чистого бытия осуществил Кант, вводя новое понятие объективности как результата оформления чувственного материала благодаря априорным формам категориального синтеза, относящимся к сущностной природе трансцендентального субъекта. Выявление фундаментальных условий и элементов, обеспечивающих саму возможность априорного познания, предпринятое Кантом в его «Критике чистого разума», можно назвать онтологическим исследованием, касающимся самых изначальных глубин рационального мышления (впоследствии именно в этом направлении развивает свои идеи Гуссерль). Кантовская «Критика» завершает поворот от «онтологии чистого бытия» к «онтологии познания», оказавший громадное воздействие на все последующее развитие европейской философии.
К онтологии познания можно отнести и те фундаментальные методологические принципы организации научного исследования, которые в явной или неявной форме содержатся в философских построениях различных вариантов позитивизма. Хотя позитивисты и подвергали онтологию резкой критике, тем не менее их учения содержат в себе некоторые онтологические предпосылки, касающиеся, с одной стороны, природы познающего субъекта, а с другой — тех схем и моделей реальности, которые обусловливают и объясняют их собственные методологические процедуры.
И априорность категориальных форм познания у Канта, и универсальность методологических приемов научного исследования в философии позитивизма, безусловно, относятся прежде всего к сфере гносеологии. Но само признание их в качестве общезначимых, универсальных принципов организации и форм осуществления познавательной деятельности придает им онтологическое значение вечных и неизменных начал познания мира.
