Референдум назначает Президент РФ. До принятия решения в течение 10 дней со дня поступления к нему материалов Президент РФ направляет их в Конституционный Суд РФ с запросом о соблюдении требований Конституции РФ. Конституционный Суд РФ в течение месяца направляет Президенту РФ свое решение, подлежащее незамедлительному опубликованию.
Конституционный Суд РФ в Постановлении от 11 июня 2003 г. № 10-П «По делу о проверке конституционности Федерального конституционного закона „О внесении изменения и дополнения в Федеральный конституционный закон „О референдуме Российской Федерации““» установил, что, если из заключения Центральной избирательной комиссии РФ следует, что решение принято в связи с несоответствием вопросов референдума Конституции, Верховный Суд РФ направляет запрос в Конституционный Суд РФ.
В случае признания Конституционным Судом РФ соблюдения всех требований. Президент РФ обязан назначить референдум не позднее 15 дней со дня поступления решения Конституционного Суда РФ. При отрицательном решении Конституционного Суда РФ все процедуры прекращаются.
В указе о назначении референдума определяется дата его проведения, голосование может быть назначено на любой выходной день в период от двух до трех месяцев со дня опубликования указа.
Подготовку и проведение референдума РФ осуществляют: Центральная избирательная комиссия РФ; избирательные комиссии субъектов РФ; территориальные (районные, городские и др.) комиссии по проведению референдума; участковые комиссии по проведению референдума.
В Законе о референдуме определены порядок формирования и полномочия этих комиссий, статус их членов, организация деятельности. Решения и действия комиссий по проведению референдума могут быть обжалованы в судебном порядке.
Для проведения голосования и подсчета голосов граждан, имеющих право на участие в референдуме, глава местной администрации по согласованию с соответствующей территориальной комиссией образует участки референдума. Списки граждан, имеющих право на участие в референдуме, составляются участковой комиссией на основе данных, представляемых главой местной администрации.