Сосредоточены в клеточной стенке: белки определяют группу О-соматически антигенов (термостабилен) может иметь липополисахаридную природу, поверхносные белки группу К-антигенов, типоспецифичные. Жгутики — Н-антигены это белок флагелин (термолябилен). Экзотоксины так же антигены, эксоферменты (плазмокоагулаза).
Например: E. Coli О111, К56 (род, вид, тип (111,56) — серовар, типоспецифический антиген). S. Typhy О9 (т.е. относится к группе Д). Есть общие антигены внутри семейства, но всегда есть видовые и сероварные антигены изучая антигенную структуру можно идентифицировать бактерии.
Гетероантигены: общие антигены между бактериями и другими биологическими объектами например: человек — сифилитическая трепонема. Второе их название перекреснореагирующие антигены (ПРА) способны реагировать с антителами поэтому антитела на трепонему могут реагировать с тканями и запускать аутоиммунный процесс.
Антигены вирусов
Нуклеиновая кислота вместе с капсидными белками у простых вирусов. У сложных вирусов есть еще суперкапсид и на поверхности этой оболочки есть липротеиновые антигены (обозначаются цифрами). Например у гриппа: имеет нейроамидазный антиген (около 5), Н1, Н5(птичий грипп). С помощью них вирус адсорбируется на поверхности эритроцитов и склеивает их, нейроамидазный адсорбируется на мембранах клеткок. По антигенным свойствам можно идентифицировать вирусы.