Иван Грозный, желая получить возможность начать широкомасштабные репрессии, совершил необычный шаг. В конце 564 г. он со спитой и приближенными покинул Москву и в начале г. поселился в Александровой слободе. Царь объявил, что отказывается от престола из-за непокорности бояр. В царской грамоте напоминалось об их злоупотреблениях во время его малолетства, расхищении казны, бегстве со службы. Духовенство обвинялось в покрытии вины совершивших преступления. В другой грамоте, адресованной ко всему московскому люду, говорилось, что против простого народа у царя нет ни гнева, ни опалы. Народ требовал, чтобы царь не оставлял престола, начинались волнения.
Делегация бояр, дворян и духовенства прибыла в Александрову слободу и просила Ивана IV вернуться к власти. Главным условием своего возвращения царь назвал отбор людей, с помощью которых он сможет искоренить в государстве измену. Иван IV создал особый двор, в который пошли специально отобранные им дворяне. Все земли были разделены на две части: опричнина и земщина. Москву тоже разделили на опричнину и земщину. Земщина была опальной землей и управлялась Боярской думой. Обо всех важнейших решениях докладывали царю. Опричниной царь управлял лично при помощи опричной боярской думы. Опричникам щедро раздавали вотчины и поместья, которые отбирали у прежних владельцев, вынужденных переселяться в иные места.
Сразу же после возвращения царя в Москву были казнены многие видные бояре. В 1566 г. царь назначил митрополитом Соловецкого игумена Филиппа, происходившего из рода бояр Колычевых. Филипп почти сразу потребовал отмены опричнины. Некоторое время царь обуздывал ярость, но затем вновь начались казни. Филипп ходатайствовал за осужденных. Вскоре его лишили сана, заточили в тверской Отрочь монастырь, где позже он был задушен опричником Малютой Скуратовым.
Иван Грозный расправился с семейством и самим двоюродным братом Владимиром Андреевичем Старицким, которого подозревал в намерении сесть на престол.
В 1569 г. царь возглавил карательную экспедицию против Нои-города. Города, находившиеся на пути в Новгород, сам Новгород и его окрестности были подвергнуты страшному погрому. Затем был казнен и ряд руководителей опричнины.
