Массовые убийства евреев на оккупированных территориях шли с востока на запад в целях «очистки тылов» группы армий «Центр». В западной части шла изоляция евреев от местного населения. Часть убивали сразу, а остальных загоняли в специально выделенные для проживания евреев места — гетто. Для евреев вводились специальные опознавательные знаки — нашивки жёлтого цвета, которые необходимо было носить на одежде спереди и сзади.
Бомльшая часть евреев Белоруссии была убита в 1941 — первой половине 1942 года главным образом в восточной части республики.
Во многих населённых пунктах убийства евреев начались в первые же дни после прихода немцев. Уже 28 июня в Белостоке были убиты 2 тысячи евреев, а спустя несколько дней — ещё несколько тысяч. 10 июля в Брест-Литовске было расстреляно, по разным данным, от 5 до 10 тысяч евреев. С 5 по 7 августа в Пинске было убито 10 тысяч евреев.
14—15 августа рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер посетил Минск, где лично наблюдал за показательным расстрелом 100 узников минского гетто.
До начала зимы свыше 50 тысяч человек были убиты. В первые месяцы оккупации было истреблено также большинство евреев Витебска, Гомеля, Бобруйска и Могилёва. В частности, 8 октября ликвидировано витебское гетто, убито 16 тысяч евреев. 30 октября солдаты вермахта расстреляли 4,5 тысячи евреев в несвижском гетто. 8 декабря 1941 года из 7 тысяч евреев, живших в Новогрудке, было убито 4,5 тысячи. К концу 1941 года были полностью уничтожены евреи из тридцати пяти крупных гетто.
С 1 по 31 января 1942 года в Белоруссии айнзатцкомандами расстреляно 33 210 евреев. На той части оккупированной территории, которая находилась под контролем гражданских властей Генерального округа Белоруссия, к концу января осталось в живых 139 тысяч евреев.
