Свержение законной королевы не могло не вызвать недовольства части шотландской аристократии. Союз «конфедератов» быстро распался, установление регентства Морея вызвало переход в оппозициюГамильтонов, графовАргайлаиХантли.2 мая1568г. Мария Стюарт бежала из замка Лохлевен. К ней немедленно присоединились оппозиционные Морею бароны. Однако небольшая армия королевы13 маябыла разбита войсками регента вбитве при Лангсайде, и Мария бежала в Англию, где обратилась за поддержкой к королеве Елизавете I.
Первоначально Елизавета I пообещала помощь Марии, однако она была далека от идеи военной интервенции в пользу своей конкурентки на английский престол. Елизавета взяла на себя функции арбитра в споре между Марией Стюарт и графом Мореем и инициировала расследование обстоятельств смерти Дарнли и свержения королевы Шотландии. В ходе расследования сторонники регента предъявили в качестве доказательства неверности Марии Стюарт и её участия в заговоре против мужа знаменитые «Письма из ларца», брошенные Ботвеллом после его бегства. По всей видимости часть этих писем (например, стихи, адресованные Ботвеллу) действительно были подлинными, однако другая часть была фальшивой. Результатом расследования стал расплывчатый вердикт Елизаветы в1569г., который, однако, позволил режиму Морея утвердиться в Шотландии и получить признание Англии.
Дело Марии Стюарт ещё не было окончательно проиграно. После убийства Морея в январе1570г. в Шотландии вспыхнула гражданская война между сторонниками королевы (Аргайл, Хантли, Гамильтоны, Мейтланд) и партией короля (Леннокс и Мортон). Лишь благодаря вмешательству Елизаветы I23 февраля1573г. стороны подписали «Пертское примирение», в соответствии с которым королём Шотландии признавался Яков VI. Вскоре войска Мортона захватилиЭдинбурги арестовали Мейтланда, последнего приверженца партии королевы. Это означало потерю Марией Стюарт надежды на её реставрацию в Шотландии.
