Центр является муниципальным учреждением. Инициаторами создания уникального, единственного в России центра были русско-словянский центр (Л. Золотова, Л. Сабашко), магнитогорское общество еврейской культуры (Э. Митлин, А. Песин), татарский культурный центр (Р. Бакиров, Н. Саяхов), казачья община (А. Белов), башкирский центр (Ф. Фазилов) и др.
Идея начала развиваться в конце 1995 года. Местом базирования был определен ДКС им. Мамина-Сибиряка. 11.2.1996 состоялось представление центра жителям города (на общественных началах), а 28.3.96 постановлением главы города В. Г. Аникушина было образовано муниципальное учреждение «Магнитогорский центр национальных культур» (директор Л.А. Голицын).
В этом же году начали работу первые творческие коллективы МЦНК: еврейский вокальный ансамбль «Атиква» и хор украинской песни «Ластивка» (руководитель Н.М. Сварцов). К 1999 художественных и учебных коллективов стало 38.
В 1997;98 к МЦНК присоединились: магнитогорское общество немецкой культуры, украинское и армянское культурные объединения, казахи, дагестанцы. В 1998 был создан общественный совет национальностей.
Уникальность МЦНК в том, что он соединяет самые разные направления: учебное, художественно-творческое, культурно-просветительное, научное, социальное и т. д. Работа Ц. многонациональная, ориентированная на детей и взрослых.
Интересными формами стали: ежегодные фестивали, посвященные дню рождения МЦНК, национальные абонементы для детей, лектории для студентов, возрождение национальных праздников многих народов, населяющих наш город, научная и фольклорно-этнографическая работа. МЦНК остается открытым для дальнейшего национального и художественно-научного развития.