Военный конфликт с Японией (1904-1905гг.)

Научную деятельность Александра Васильевича прервала Русско-Японская война, о начале которой он узнал, возвратившись из экспедиции. Уже из Якутска Колчак обратился к президенту Академии Наук Великому князю Константину Константиновичу с просьбой отчислить его от академии и передать в военно-морское ведомство.

Не давая себе отдыха, прямо из Сибири измотанный долгой и тяжёлой экспедицией молодой лейтенант отправлялся в Порт-Артур. По прибытии в Порт-Артур Колчак немедленно явился к вице-адмиралу С. О. Макарову, которого считал своим учителем. Это была их вторая встреча. Александр Васильевич просил назначения на наиболее боевую должность, на миноносец, но Макаров, принимая во внимание состояние его здоровья, подорванного двумя экспедициями, определил молодого офицера на крейсер «Аскольд». Через несколько дней адмирал Макаров погиб на подорванном и затонувшем броненосце «Петропавловск»…

Вскоре Колчак был назначен на минный заградитель «Амур». На этом небольшом судне, по воспоминаниям современников, он, выйдя однажды ночью из порта, потопил 4 японских транспорта с грузом и войсками. Зарекомендовав себя храбрейшим и распорядительным офицером, Александр Васильевич, спустя всего несколько дней, получил новое назначение — на эскадренный миноносец «Сердитый». Он начал командовать уже будучи больным тяжёлым воспалением лёгких, едва держась на ногах, и вскоре слёг в госпиталь, откуда, едва оправившись, вновь вернулся на миноносец и приступил к установлению мин и заграждений около Порт-Артура. Именно на этой минной банке подорвался японский крейсер «Такосадо», что было единственным случаем за всю войну. Между тем, начали сказываться последствия полярных экспедиций. У Колчака разыгрался сильнейший суставной ревматизм, и он был вынужден просить назначения на сухопутный фронт, который нёс теперь основную тяжесть борьбы. За недолгий срок пребывания в должности командира морских орудий на северо-восточном участке обороны крепости, Колчак неоднократно отражал атаки японской пехоты, участвовал в боях, был легко ранен, но не ранение, всё усилившийся ревматизм заставил его в дни падения Порт-Артура лечь в госпиталь, где он вместе с другими больными и тяжело ранеными, которых не смогли эвакуировать отступающие войска, был взят в плен японцами. Колчак вспоминал: «В Нагасаки партия наших больных и раненых получила очень великодушное предложение японского правительства, переданное французским консулом, о том, что правительство Японии предоставляет нам возможность пользоваться, где мы захотим, водами и лечебными учреждениями Японии, или же, если мы не желаем оставаться в Японии, вернуться на родину без всяких условий. Мы все предпочли вернуться домой». В Петрограде врачебная комиссия признала Колчака полным инвалидом и дала четырёхмесячный отпуск для лечения на водах.

За первую полярную экспедицию лейтенант Колчак получил орден Святого Владимира 4-й степени, за героизм, проявленный в ходе Русско-Японской войны — орденом Святой Анны 4-й степени, орденом Святого Станислава 2-й степени и Георгиевским оружием — золотой саблей с надписью «За храбрость».