Средние века. 
История микологии

Античные учёные не проводили научных исследований грибов, а только кратко описывали их, главным образом как продукты питания. С падением Римской империи пришли в упадок и классические античные науки. Некоторые средневековые авторы только пересказывали античные сведения о грибах. Единственный известный оригинальный труд этой эпохи принадлежит немецкой монахине Хильдегарде Бингенской, в её рукописи «Книга о растениях» содержатся уникальные для того времени по числу и полноте описания грибов.

В «Травнике» Иеронима Бока имеется глава на 5 страницах, содержащая описания около 10 шляпочных грибов и трутовиков, описаны распространение, сезон, указывается съедобность или ядовитость и способы приготовления грибов.

В «Травнике» Ремберта Додонса, который в течение двух столетий служил классическим справочником по ботанике, грибы составляют одну из шести групп растений, и классифицируются по различным признакам: форма, токсичность, сезон появления.

Современника Додонса итальянского натуралиста Пьера Андреа Чезальпино называют основоположником настоящего научного подхода к изучению грибов. В труде «De Plantis libri XVI» Чезальпино впервые указал на особое положение грибов в царстве растений. Он выделил три «класса» грибов — Tuber — подземные; Pezicae — наземные грибы без ножки; Fungi — шляпочные грибы и трутовики. Последний класс был разделён на 16 «таксонов», наименования которых основывались на итальянских народных названиях.

Карл Клузиус в 1601 году написал первую монографию, целиком посвящённую грибам. Это было региональное описание грибной флоры Венгрии, которое вышло в общем томе, получившем название «Кодекса Клузиуса». Клузиус описал 47 «родов» и 105 «видов» грибов, снабдив описания довольно точными иллюстрациями, в том числе цветными. Рисунки грибов в тот период, как правило, уступали по качеству рисункам цветковых растений. Большинство грибов из «Кодекса Клузиуса» можно, всё же, достаточно точно идентифицировать по иллюстрациям.

В опубликованной в 1664 году «Микрографии» Роберта Гука появляются первые рисунки микроскопических структур грибов — «голубой плесени» и «ржавчины розы». Учёных, непосредственно специализирующихся на микологии в XVII—XVIII вв.еках ещё не было, грибы изучались только некоторыми ботаниками-систематиками попутно с цветковыми растениями. С. Вейян предложил критерий для классификации грибов, который вошёл в книгу «De plantes», изданную в 1727 году, уже после смерти автора.

Классификация Вейяна была основана на строении нижней поверхности шляпки. Такая классификация оказалась очень удобной и используется до сих пор при сборе грибов. Вейян обратил внимание на структуру грибов, связанную с их размножением, однако функция её была неизвестной, да и о размножении грибов вообще не было известно ничего. В 1729 году эту тайну частично разгадал Микели, обнаруживший у грибов микроскопические «семена», прорастающие, если поместить их в каплю воды. В 1778 году И. Хедвиг предложил для них название споры.

Карл Линней непосредственно в микологию не сделал большого вклада. Отчасти благодаря авторитету Линнея грибы долгое время входили в царство растений. Сам Линней поначалу высказывал сомнения в принадлежности грибов к растениям и предлагал относить их вместе с полипами к животным. После открытия Микели грибных «семян», Линней окончательно склонился к признанию грибов растениями.