В толще белого вещества каждого полушария имеются скопления серого вещества, образующие отдельно лежащие, так называемые базальные ядра: полосатое тело, ограду и миндалевидное ядро.
Полосатое тело состоит из хвостатого и чечевицеобразного ядер. Хвостатое ядро латеральнее и выше таламуса, имеет головку и хвост. Чечевицеобразное ядро располагается латеральнее хвостатого, в нем различают две части: бледный шар (медиально) и скорлупу (латерально).
Ограда находится латеральное чечевицеобразного ядра; представляет собой тонкую прослойку серого вещества.
Миндалевидное тело залегает глубоко в височной доле полушария.
Среди базальных ядер имеется характерное образование — внутренняя капсула. Это прослойка белого вещества, отделяющая чечевицеобразное ядро от хвостового и таламуса. Через внутреннюю капсулу проходят отростки третьих нейронов проводящих чувствительных путей, направляющихся в кору полушарий, а также проводящие двигательные пути сознательных движений (пирамидный, корково-ядерный). Внутренняя капсула относится к разряду проекционных путей.
В каждом полушарии находится боковой желудочек — щелевидиая полость. Боковые желудочки полушарий имеют центральную часть и три рога: передний, задний и нижний. Центральная часть лежит в теменной доле, вверху она ограничена мозолистым телом, внизу — таламусом.
Передний рог располагается в лобной доле; задний рог — в затылочной доле; нижний рог — в височной доле, его нижнемедиальная сторона образована гиппокампом (морским коньком) — толстым изогнутым выступом.
В боковом желудочке имеется крупное сосудистое сплетение, ворсинки которого продуцируют ликвор. Боковые желудочки сообщаются через межжелудочковые отверстия с полостью III желудочка.