Умирая, Иван Грозный торжественно признал своего преемника Федора неспособным к управлению государством и назначил ему в помощь регентский совет, в который включил двух представителей знати: князя Ивана Мстиславского и князя Ивана Шуйского, знаменитого воеводу, защитника Пскова, дядю Федора Никиту Романовича Юрьева и последнего из видных деятелей опричнины — Богдана Бельского. Автор новейшей биографии Бориса Годунова Р. Г. Скрынников, работая в варшавском и венском архивах, нашел донесения польского и австрийского послов, великолепно знавших положение в Москве. Из них следует, что Борис Годунов не был включен в регентский совет. Однако это не мешало ему бороться за влияние на Федора.
Умело маневрируя, Годунов избавляется от регентов. Первым падает Богдан Бельский, который, вместе с родственниками последней жены Ивана грозного Марией Нагой, пробует отстаивать права на трон царевича Дмитрия. Царевича вместе с матерью отправляют в Углич, а Бельского отправляют в ссылку. Сравнительно быстро выведен из игры князь Мстиславский, человек ограниченный и легко управляемый другими.
Более полутора лет шло единоборство Бориса с могущественной семьей Шуйских, которые снова, как и после смерти Василия III, пытаются занять первое место в государстве. Несмотря на союз с митрополитом Дионисием, Шуйские, требовавшие расторжения брака Федора с Ириной, терпят поражение. Виднейших представителей боярской семьи ссылают, митрополита лишают сана и постригают в монахи.
Большую опасность для власти Бориса Годунова представляли бояре Нагие, родственники малолетнего царевича Дмитрия, младшего сына Ивана грозного. Дмитрий был выслан из Москвы в Углич, который был объявлен его уделом. Углич вскоре превратился в оппозиционный центр. Бояре ожидали смерти царя Федора, чтобы оттеснить Годунова от власти и править от имени малолетнего царевича. Однако в 1591 году царевич Дмитрий погибает при загадочных обстоятельствах. Следственная комиссия под предводительством боярина Василия Шуйского дала заключение, что это был несчастный случай. Но народная молва приписывала Годунову организацию убийства царевича с целью захвата власти.
7 января 1598 года царь Федор Иоаннович умер. Трон Ивана Калиты опустел, династия Рюриковичей кончилась. Народ начал было присягать вдове покойного, царице Ирине, но она постриглась.
«Итак, династия вымерла не чисто, но и не своей смертью». Началось междуцарствие.
