В 1808 г. Багратион, отправился на войну со Швецией, 21-я пехотная дивизия, которую он возглавлял, в феврале — марте провела ряд удачных сражений и боев, заняла города Таммерсфорс, Бьерсборг, Або, Вазу и Аландские острова. После отдыха в России Багратион осенью 1808 г. вернулся в Финляндию, где приближался решающий период войны. План Александра 1 предусматривал ускорить победу над шведами путем смелого движения русской армии через Ботнический залив к берегам Швеции. Считая, что поход в зимнее время, по льдам и глубокому снегу, невозможен, главнокомандующие русской армией — сначала генерал Буксгевден, затем Кнорринг, а за ними и другие генералы высказывались против такой операции. Багратион же сказал военному министру Аракчееву, присланному руководить походом: «Прикажите — пойдем». Командуя одной из трех колонн, он успешно преодолел сложнейший путь по замерзшему заливу из Або до Аландских островов, за 6 суток занял их, а авангардный отряд Кульнева достиг шведского берега. Дальнейший ход войны завершился победным для России мирным договором.
Весной 1809 года произведён в генералы от инфантерии.
Во время русско-турецкой войны 1806−1812 годов был главнокомандующим Молдавской армией (июль 1809 — март 1810), что стало результатом как его успеха при завоевании Аландских островов, так и особого благорасположения к нему нового военного министра А. А. Аракчеева. Багратион руководил боевыми действиями на левом берегу Дуная. Его войска овладели крепостями Мачин, Гирсово, Кюстенджи, разгромили у Рассевата 12-тысячный корпус отборных турецких войск, нанесли крупное поражение противнику под Татарицей. После победы у Рассевата был награждён орденом Святого Андрея Первозванного. Но в марте 1810 года генерал Багратион был отстранён от командования армией. Скорее всего за этим стояло недовольство Александра I тем, что Багратион вёл боевые действия на левом берегу Дуная, вопреки воли императора. Александр I очень не любил, когда пренебрегали его волей.
