Сою на семена убирают при влажности их 14−16%, при пожелтении и опадании листьев и приобретении бобами и семенами характерной для сорта окраски. При встряхивании куста сои семена в бобах в это время издают характерный шум. Задержка с началом уборки приводит к растрескиванию бобов и увеличению потерь. Существенное увеличение потерь отмечено при влажности семян ниже 13%.
На больших массивах сою убирают однофазным способом переоборудованными зерноуборочными комбайнами со скоростью движения 4−5 км/ч для лучшего копирования неровностей почвы. Уборку осуществляют ночью или рано утром, что способствует снижению потерь.
На приусадебных участках растения сои срезают над поверхностью почвы, высушивают и обмолачивают. Для обмолота большой надземной массы изготавливают древнейшее молотильное орудие — цеп. Семена отделяют от измельченных створок боба провеиванием на ветру.
На каждом кусте завязывается 50−60 бобов с 3−4 семенами. Коэффициент размножения в среднем составляет 1: 180 (200). У фасоли и гороха коэффициент размножения ниже. С одного куста овощеводы-любители собирают 0,5 стакана отборных семян. Урожайность сои составляет 5−6 кг/10 м2.
На небольшом участке (10−15 растений) при уборке урожая обрывают бобы с пожелтевших растений. Затем бобы раскладывают на несколько дней для просушки на солнце. Потом помещают в мешок и, расстелив тонким слоем, обмолачивают палкой. Измельченную массу помещают в посуду и, делая круговые движения, отделяют створки бобов (они соберутся вверху) от семян, которые останутся внизу. После этого семена провеивают на ветру и отделяют мелкие примеси.
