В связи с необходимостью вовлечения в хозяйственный оборот уникальных природных ресурсов Сибири все острее возникают проблемы охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов, необходимости сохранения экологических систем в регионе, особенно в районах Севера.
Природные комплексы региона отличаются повышенной ранимостью, что связано с замедлением процессов восстановления и самоочищения в условиях низких температур, слабой циркуляцией и нисходящими воздушными потоками при преобладающем антициклональном режиме погоды, с температурными инверсиями, характерными для горно-котловинного рельефа. Мощное очаговое промышленное освоение территории имеет негативные последствия для природы региона, ведь с увеличением концентрации производства резко возрастает давление на окружающую среду.
Наиболее важные проблемы рационального природопользования и охраны окружающей среды возникают в связи с загрязнением воздушного бассейна, особенно мощными тепловыми электростанциями, предприятиями черной, цветной металлургии и химии; изъятием значительных массивов сельскохозяйственных угодий под промышленное строительство, а также необходимостью рекультивации земель, ликвидации огромных золошлакоотвалов; с загрязнением водного бассейна производственными и бытовыми сточными водами, молевым сплавом леса; с комплексным использованием руд цветных металлов, лесных и других ресурсов и т. д. В сельском хозяйстве важное место занимает борьба с водной и ветровой эрозией, засолением почв. Особое значение уделяется охране озера Байкал, роль и уникальность которого выражается в огромных запасах пресной воды, ее чистоте, в разнообразии и эндемичности биологических ресурсов, неповторимости природных ландшафтов. Там установлен режим особого природопользования, в районе озера расположены два заповедника, около тридцати заказников.
Охране окружающей среды в регионе уделяется большое внимание: выделяются крупные финансовые средства, ведутся научные исследования, природоохранные мероприятия охватывают перечисленные направления. Однако острота проблемы не снимается, а наоборот, в связи с ускоренным освоением богатств Сибирского федерального округа она будет возрастать. [1, стр. 406].
