Все реки Центральной Якутии имеют чрезвычайно низкий сток зимой, мощный весенний паводок и почти ежегодные паводки в конце лета. Резкие колебания водности рек объясняются наличием вечной мерзлоты, которые не позволяют поверхностным водам уходить в почву.
Водный баланс имеет следующие показатели: сток — 60 мм, испарение — 215 мм, коэффициент стока — 0,2 (Кузин, 1960). Для водного режима рек характерны типичные весенние половодья, преимущественно летние дождевые паводки, затяжная летняя и зимняя межень, устойчивый и продолжительный (до 215 дней) ледостав. В половодье стекает более 90%, в летне-осенний период — 7%, а зимой менее 1% годового стока, нередко сток прекращается полностью — поскольку малые и средние реки промерзают.
Величина зимнего стока в значительной степени зависит от целого ряда местных факторов: от характеристик многолетнемерзлых пород, глубины их оттаивания, наличия карстующихся пород и др., определяющих условия формирования подземных вод, питающих реки в зимнее время.
Летняя межень наблюдается отчетливо и продолжается в среднем около 40 дней, иногда 80−90 дней. Межень холодной части года также наблюдается отчётливо во всех реках и продолжается от 6 до 8 месяцев.
Снеговое питание рек Центральной Якутии является основным и составляет 50−70% от годового стока. Дождевое питание составляет 25−35% от годового стока, на долю подземных вод приходится от 3 до 7% (). В средней части бассейна реки Лена, а также на некоторых притоках Вилюя, в районах активного проявления карста увеличивается участие подземных вод в питании рек.
От того, где расположены озёра, в речных долинах или на водоразделах, зависит их питание, водный и температурный режим, химизм, условия развития гидробионтов, и, в конечном итоге, интенсивность и мощность осадконакопления.
По водному режиму озера подразделяются на сточные и бессточные. Среди первых озёр, т. е. сточных, выделяются проточные.
Величина стока рек в значительной степени зависит от озёрности территории. Озёрность определяется густотой речной сети. На территории с редкой речной сетью встречаются озёра значительных размеров, т.к. связь озёр с речными системами определяет продолжительность их существования. Изолированные от рек озёра аласов обречены на медленное высыхание, а для озёр, имеющих связь с реками, характерен более или менее постоянный уровенный режим.
Hа территории Центральной Якутии насчитывается около 106 тыс. озёр с суммарной площадью 1 млн. га. Общий объем водных ресурсов озёр данного региона составляет 180 млрд. м3 (Жирков, 1983а). В Центральной Якутии наибольшей озёрностью отличаются поймы и низкие надпойменные террасы рек Лена, Вилюй, наименьшей — высокие современные денудационные равнины Приленского плато.
