Для осуществления процедуры выдачи европейского патента создана Европейская патентная организация, которая имеет административную и финансовую самостоятельность. Ее органами является Административный совет и Европейское патентное ведомство (ЕПВ). Выдачу европейского патента осуществляет ЕПВ, а его деятельность контролирует Административный совет. Организация и ЕПВ находятся в Мюнхене, ЕПВ имеет филиал в Гааге.
ЕПВ проводит прием, рассмотрение заявок и выдачу по ним патентов. Для осуществления этой деятельности в нем созданы следующие подразделения: отдел приема, отделы поиска, отделы экспертизы, отделы возражений, юридический отдел, палаты жалоб, Большая палата жалоб.
Отдел приема проводит экспертизу заявки для установления даты подачи, формальную экспертизу, а также публикацию заявок и отчетов о поиске.
Отделы поиска осуществляют информационный поиск на новизну и составляют по нему отчеты.
Отделы экспертизы проводят исследование патентоспособности заявленного решения после ходатайства о полной экспертизе.
Отделы возражений рассматривают возражения, заявленные третьими лицами против выданных европейских патентов.
Юридический отдел ведает записями в Патентном реестре и Реестре патентных поверенных.
Палата жалоб рассматривает жалобы на решения отделов приема, экспертизы, возражений и юридического отдела.