Марганец необходим всем растениям: он способствует увеличению содержания хлорофилла в листьях, синтезу аскорбиновой кислоты (витамина С) и Сахаров, улучшает отток Сахаров из листьев в запасающие органы и плоды, регулирует водный режим, повышает устойчивость к неблагоприятным факторам, влияет на плодоношение и способствует ускорению их развития.
Особенно требовательны к наличию марганца в почве (в доступной форме) свекла и другие корнеплоды, картофель, злаковые, а также яблоня, черешня, груша, вишня и малина. При недостатке марганца в растениях нарушается соотношение элементов минерального питания в питательном балансе. Характерным симптомом такого нарушения является точечный хлороз листьев (на них между жилками появляются мелкие желтые пятна, а затем пораженные участки отмирают), у злаков появляется «серая пятнистость», у столовой, сахарной и кормовой свеклы и шпината — «пятнистая желтуха», у гороха — «болотная пятнистость» (коричневые и черные пятна на семенах), у плодовых культур — хлороз старых листьев, особенно сильный у груши и вишни. При остром недостатке марганца у гороха, томатов, редиса, капусты и ряда других культур возможно полное отсутствие плодоношения.
Недостаток марганца для растений отмечается на серых лесных, солонцеватых и каштановых почвах и на слабовыщелоченных черноземах, а также на переизвесткованных почвах с рН от 6 до 8. На кислых и сильнокислых переувлажненных почвах возможно токсичное воздействие избыточного количества марганца на растения, в том числе и при внесении чрезмерного количества навоза (он содержит довольно много марганца) — так называемое «выгорание посевов».