В середине XIX в. в результате заселения края и с учетом геополитических интересов страны в регионе возникают первые административные области — Амурская с центром в Благовещенске и огромная Приморская с центром в Николаевске, также расположенном на Амуре; она охватывала огромную территорию от Чукотки до Приморья.
Во время Крымской войны некоторые порты региона были атакованы противником. В результате поражения России в Русско-японской войне 1904—1905 гг. Курильские острова и южная часть Сахалина отошли Японии. Однако регион вошел в русское общественное сознание не столько в связи с горечью поражения; в немалой степени этому способствовали связанные с войной запоминающиеся песенные и музыкальные образы: вальс «На сопках Манчжурии», песня «Врагу не сдается наш гордый „Варяг“…».
В связи с введением в строй Транссиба резко возрастает поток переселенцев (до этого правительство перевозило желающих, всего несколько сотен семей в год, на кораблях из Одессы через Суэцкий капал во Владивосток).
В начале XX в. в регионе создается уже четыре области: Амурская, Камчатская, Сахалинская и Приморская; административным центром всего региона становится более безопасный Хабаровск, расположенный на Амуре. Вокруг Владивостока сооружается мощная морская крепость — аналог Кронштадта.
