Π‘Π°ΠΊΠ°Π»Π°Π²Ρ€
Π”ΠΈΠΏΠ»ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Π΅ ΠΈ курсовыС Π½Π° Π·Π°ΠΊΠ°Π·

Анализ гСнСтичСских ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ

Π Π΅Ρ„Π΅Ρ€Π°Ρ‚ΠŸΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒ Π² Π½Π°ΠΏΠΈΡΠ°Π½ΠΈΠΈΠ£Π·Π½Π°Ρ‚ΡŒ ΡΡ‚ΠΎΠΈΠΌΠΎΡΡ‚ΡŒΠΌΠΎΠ΅ΠΉ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Ρ‹

Π‘ Π²ΠΎΠ·Ρ€Π°ΡΡ‚Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ количСства Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… ΡƒΠΆΠ΅ Π΄Π°Π²Π½ΠΎ стало Π½Π΅Π²ΠΎΠ·ΠΌΠΎΠΆΠ½Ρ‹ΠΌ Π²Ρ€ΡƒΡ‡Π½ΡƒΡŽ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ. Π’ Π½Π°ΡˆΠΈ Π΄Π½ΠΈ для поиска ΠΏΠΎ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°ΠΌ тысяч ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ², состоящих ΠΈΠ· ΠΌΠΈΠ»Π»ΠΈΠ°Ρ€Π΄ΠΎΠ² ΠΏΠ°Ρ€ Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄ΠΎΠ², ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΡƒΡŽΡ‚ΡΡ ΠΊΠΎΠΌΠΏΡŒΡŽΡ‚Π΅Ρ€Π½Ρ‹Π΅ ΠΏΡ€ΠΎΠ³Ρ€Π°ΠΌΠΌΡ‹. ΠŸΡ€ΠΎΠ³Ρ€Π°ΠΌΠΌΡ‹ ΠΌΠΎΠ³ΡƒΡ‚ ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ·Π½Π°Ρ‡Π½ΠΎ ΡΠΎΠΏΠΎΡΡ‚Π°Π²ΠΈΡ‚ΡŒ (Π²Ρ‹Ρ€ΠΎΠ²Π½ΡΡ‚ΡŒ) ΠΏΠΎΡ…ΠΎΠΆΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ Π”ΠΠš Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°Ρ… Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Ρ… Π²ΠΈΠ΄ΠΎΠ²; часто Ρ‚Π°ΠΊΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ нСсут сходныС Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΈ… Π§ΠΈΡ‚Π°Ρ‚ΡŒ Π΅Ρ‰Ρ‘ >

Анализ гСнСтичСских ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ (Ρ€Π΅Ρ„Π΅Ρ€Π°Ρ‚, курсовая, Π΄ΠΈΠΏΠ»ΠΎΠΌ, ΠΊΠΎΠ½Ρ‚Ρ€ΠΎΠ»ΡŒΠ½Π°Ρ)

Π‘ Ρ‚Π΅Ρ… ΠΏΠΎΡ€ ΠΊΠ°ΠΊ Π² 1977 Π³ΠΎΠ΄Ρƒ Π±Ρ‹Π» сСквСнирован Ρ„Π°Π³ Phi-X174, ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ Π”ΠΠš всё большСго числа ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² Π±Ρ‹Π»ΠΈ Ρ€Π°ΡΡˆΠΈΡ„Ρ€ΠΎΠ²Π°Π½Ρ‹ ΠΈ ΡΠΎΡ…Ρ€Π°Π½Π΅Π½Ρ‹ Π² Π±Π°Π·Π°Ρ… Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…. Π­Ρ‚ΠΈ Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Π΅ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΡƒΡŽΡ‚ΡΡ для опрСдСлСния ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΈ Ρ€Π΅Π³ΡƒΠ»ΡΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Ρ… участков. Π‘Ρ€Π°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π² Ρ€Π°ΠΌΠΊΠ°Ρ… ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΈΠ»ΠΈ Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Ρ… Π²ΠΈΠ΄ΠΎΠ² ΠΌΠΎΠΆΠ΅Ρ‚ ΠΏΡ€ΠΎΠ΄Π΅ΠΌΠΎΠ½ΡΡ‚Ρ€ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ сходство Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΉ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΈΠ»ΠΈ ΠΎΡ‚Π½ΠΎΡˆΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρƒ Π²ΠΈΠ΄Π°ΠΌΠΈ (Ρ‚Π°ΠΊ ΠΌΠΎΠ³ΡƒΡ‚ Π±Ρ‹Ρ‚ΡŒ составлСны ЀилогСнСтичСскиС Π΄Π΅Ρ€Π΅Π²ΡŒΡ).

Π‘ Π²ΠΎΠ·Ρ€Π°ΡΡ‚Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ количСства Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… ΡƒΠΆΠ΅ Π΄Π°Π²Π½ΠΎ стало Π½Π΅Π²ΠΎΠ·ΠΌΠΎΠΆΠ½Ρ‹ΠΌ Π²Ρ€ΡƒΡ‡Π½ΡƒΡŽ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ. Π’ Π½Π°ΡˆΠΈ Π΄Π½ΠΈ для поиска ΠΏΠΎ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°ΠΌ тысяч ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ², состоящих ΠΈΠ· ΠΌΠΈΠ»Π»ΠΈΠ°Ρ€Π΄ΠΎΠ² ΠΏΠ°Ρ€ Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄ΠΎΠ², ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΡƒΡŽΡ‚ΡΡ ΠΊΠΎΠΌΠΏΡŒΡŽΡ‚Π΅Ρ€Π½Ρ‹Π΅ ΠΏΡ€ΠΎΠ³Ρ€Π°ΠΌΠΌΡ‹. ΠŸΡ€ΠΎΠ³Ρ€Π°ΠΌΠΌΡ‹ ΠΌΠΎΠ³ΡƒΡ‚ ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ·Π½Π°Ρ‡Π½ΠΎ ΡΠΎΠΏΠΎΡΡ‚Π°Π²ΠΈΡ‚ΡŒ (Π²Ρ‹Ρ€ΠΎΠ²Π½ΡΡ‚ΡŒ) ΠΏΠΎΡ…ΠΎΠΆΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ Π”ΠΠš Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°Ρ… Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Ρ… Π²ΠΈΠ΄ΠΎΠ²; часто Ρ‚Π°ΠΊΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ нСсут сходныС Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΈ, Π° Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡ΠΈΡ Π²ΠΎΠ·Π½ΠΈΠΊΠ°ΡŽΡ‚ Π² Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚Π΅ ΠΌΠ΅Π»ΠΊΠΈΡ… ΠΌΡƒΡ‚Π°Ρ†ΠΈΠΉ, Ρ‚Π°ΠΊΠΈΡ… ΠΊΠ°ΠΊ Π·Π°ΠΌΠ΅Π½Ρ‹ ΠΎΡ‚Π΄Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹Ρ… Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄ΠΎΠ², вставки Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄ΠΎΠ², ΠΈ ΠΈΡ… «Π²Ρ‹ΠΏΠ°Π΄Π΅Π½ΠΈΡ» (Π΄Π΅Π»Π΅Ρ†ΠΈΠΈ). Один ΠΈΠ· Π²Π°Ρ€ΠΈΠ°Π½Ρ‚ΠΎΠ² Ρ‚Π°ΠΊΠΎΠ³ΠΎ выравнивания примСняСтся ΠΏΡ€ΠΈ самом процСссС сСквСнирования. Π’Π°ΠΊ называСмая Ρ‚Π΅Ρ…Π½ΠΈΠΊΠ° «Π΄Ρ€ΠΎΠ±Π½ΠΎΠ³ΠΎ сСквСнирования» (которая Π±Ρ‹Π»Π°, Π½Π°ΠΏΡ€ΠΈΠΌΠ΅Ρ€, использована Π˜Π½ΡΡ‚ΠΈΡ‚ΡƒΡ‚ΠΎΠΌ ГСнСтичСских ИсслСдований для сСквСнирования ΠΏΠ΅Ρ€Π²ΠΎΠ³ΠΎ Π±Π°ΠΊΡ‚Π΅Ρ€ΠΈΠ°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠ³ΠΎ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° Haemophilus influenzae) вмСсто ΠΏΠΎΠ»Π½ΠΎΠΉ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄ΠΎΠ² Π΄Π°Ρ‘Ρ‚ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ ΠΊΠΎΡ€ΠΎΡ‚ΠΊΠΈΡ… Ρ„Ρ€Π°Π³ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ² Π”ΠΠš (ΠΊΠ°ΠΆΠ΄Ρ‹ΠΉ Π΄Π»ΠΈΠ½ΠΎΠΉ ΠΎΠΊΠΎΠ»ΠΎ 600—800 Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄ΠΎΠ²). ΠšΠΎΠ½Ρ†Ρ‹ Ρ„Ρ€Π°Π³ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ² Π½Π°ΠΊΠ»Π°Π΄Ρ‹Π²Π°ΡŽΡ‚ΡΡ Π΄Ρ€ΡƒΠ³ Π½Π° Π΄Ρ€ΡƒΠ³Π° ΠΈ, совмСщённыС Π΄ΠΎΠ»ΠΆΠ½Ρ‹ΠΌ ΠΎΠ±Ρ€Π°Π·ΠΎΠΌ, Π΄Π°ΡŽΡ‚ ΠΏΠΎΠ»Π½Ρ‹ΠΉ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌ. Π’Π°ΠΊΠΎΠΉ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ быстро Π΄Π°Ρ‘Ρ‚ Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚Ρ‹ сСквСнирования, Π½ΠΎ ΡΠ±ΠΎΡ€ΠΊΠ° Ρ„Ρ€Π°Π³ΠΌΠ΅Π½Ρ‚ΠΎΠ² ΠΌΠΎΠΆΠ΅Ρ‚ Π±Ρ‹Ρ‚ΡŒ довольно слоТной Π·Π°Π΄Π°Ρ‡Π΅ΠΉ для Π±ΠΎΠ»ΡŒΡˆΠΈΡ… Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠΎΠ². Π’ ΠΏΡ€ΠΎΠ΅ΠΊΡ‚Π΅ ΠΏΠΎ Ρ€Π°ΡΡˆΠΈΡ„Ρ€ΠΎΠΊΠ΅ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° Ρ‡Π΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ° сборка заняла нСсколько мСсяцСв ΠΊΠΎΠΌΠΏΡŒΡŽΡ‚Π΅Ρ€Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π²Ρ€Π΅ΠΌΠ΅Π½ΠΈ. БСйчас этот ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ примСняСтся для практичСски всСх Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠΎΠ², ΠΈ Π°Π»Π³ΠΎΡ€ΠΈΡ‚ΠΌΡ‹ сборки Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠΎΠ² ΡΠ²Π»ΡΡŽΡ‚ΡΡ ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΉ ΠΈΠ· ΠΎΡΡ‚Ρ€Π΅ΠΉΡˆΠΈΡ… ΠΏΡ€ΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ‚ΠΈΠΊΠΈ Π½Π° ΡΠ΅Π³ΠΎΠ΄Π½ΡΡˆΠ½ΠΈΠΉ ΠΌΠΎΠΌΠ΅Π½Ρ‚ [http://www.t-generation.ru/065_copmuting.html].

Π”Ρ€ΡƒΠ³ΠΈΠΌ ΠΏΡ€ΠΈΠΌΠ΅Ρ€ΠΎΠΌ примСнСния ΠΊΠΎΠΌΠΏΡŒΡŽΡ‚Π΅Ρ€Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ являСтся автоматичСский поиск Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΈ Ρ€Π΅Π³ΡƒΠ»ΡΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Ρ… ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ΅. НС Π²ΡΠ΅ Π½ΡƒΠΊΠ»Π΅ΠΎΡ‚ΠΈΠ΄Ρ‹ Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ΅ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΡƒΡŽΡ‚ΡΡ для задания ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚Π΅ΠΉ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ². НапримСр, Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°Ρ… Π²Ρ‹ΡΡˆΠΈΡ… ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ², большиС сСгмСнты Π”ΠΠš явно Π½Π΅ ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‚ Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ ΠΈ ΠΈΡ… Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½Π°Ρ Ρ€ΠΎΠ»ΡŒ нСизвСстна. Π Π°Π·Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚ΠΊΠ° Π°Π»Π³ΠΎΡ€ΠΈΡ‚ΠΌΠΎΠ² выявлСния ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ участков Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° являСтся Π²Π°ΠΆΠ½ΠΎΠΉ Π·Π°Π΄Π°Ρ‡Π΅ΠΉ соврСмСнной Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ‚ΠΈΠΊΠΈ.

Π‘ΠΈΠΎΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ‚ΠΈΠΊΠ° ΠΏΠΎΠΌΠΎΠ³Π°Π΅Ρ‚ ΡΠ²ΡΠ·Π°Ρ‚ΡŒ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Π΅ ΠΈ ΠΏΡ€ΠΎΡ‚Π΅ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Π΅ ΠΏΡ€ΠΎΠ΅ΠΊΡ‚Ρ‹, ΠΊ ΠΏΡ€ΠΈΠΌΠ΅Ρ€Ρƒ, помогая Π² ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ Π”ΠΠš для ΠΈΠ΄Π΅Π½Ρ‚ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ².

ΠŸΠΎΠΊΠ°Π·Π°Ρ‚ΡŒ вСсь тСкст
Π—Π°ΠΏΠΎΠ»Π½ΠΈΡ‚ΡŒ Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΡƒ Ρ‚Π΅ΠΊΡƒΡ‰Π΅ΠΉ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚ΠΎΠΉ