К началу Карабахского конфликта в Баку проживало около 200 тыс. армян при общей численности населения 1,7 млн.
В начале 1988 года в Баку и прилегающие районы начали прибывать первые беженцы-азербайджанцы из Кафанского и Мегринского районов Армянской ССР. В тот период, однако, благодаря энергичным действиям Фуада Мусаева, занимавшего в феврале 1988 г. пост первого секретаря Бакинского горкома КПАз, насилие в самом Баку удалось предотвратить. Погром с многочисленными жертвами среди армян произошёл в городе Сумгаите, недалеко от Баку. Сумгаитский погром явился знаковым событием и поворотным пунктом в обострении межнационального конфликта в Закавказье, вызвавшим первые потоки армянских беженцев из Азербайджана]. Аналогичные события произошли 28 февраля в Кировабаде (ныне Гянджа).
Весна и лето 1988 года характеризовались непрерывным возрастанием общественного напряжения и национальной вражды между азербайджанским и армянским населением. После сумгаитской трагедии началось выдавливание азербайджанцев из Армении и армян из Азербайджана. Летом и осенью участились случаи насилия в НКАО, нарастал взаимный поток беженцев.
В ноябре-декабре 1988 года по всему Азербайджану и Армении проходят погромы. Беженцами из Азербайджана, в основном в Армению, в течение конца ноября 1988 года стали более 200 000 армян. Большая часть бакинских армян покинула Азербайджан после этих событий.
В Баку на площади Ленина (впоследствии переименованной в площадь Свободы), проходили митинги. Н. Панахов и Э. Мамедов, наиболее популярные ораторы, подогревали антиармянские настроения. С 17 ноября они проводились непрерывно, часть демонстрантов, до 20 тысяч человек, ночевали на площади. Днем их число доходило по некоторым оценкам до полумиллиона. 5 декабря появились части советской милиции, которые силой очистили площадь.
К началу 1989 года практически все азербайджанцы депортированы из Армении. Многие из них осели в Баку. В Азербайджане армяне остались практически только в Нагорном Карабахе (НКАО, Шаумяновском районе и части Ханларского района) и в Баку.
К концу лета 1989 года массовые протесты в Баку, вызванные карабахской проблемой, возобновились. В митингах и демонстрациях принимали участие сотни тысяч азербайджанцев. Мамедов и Панахов организовали массовые митинги и заручились общественной поддержкой для своей разрушительной тактики: полной блокады железнодорожного сообщения с Арменией.
К началу 1990 года в Баку осталось около 30—40 тыс. армян, в основном женщины и пенсионеры].
В начале 1990 года в Шаумяновском и Ханларском районах (местах компактного проживания армян севернее Нагорно-Карабахской автономной области) происходят столкновения между армянами и азербайджанцами[7]. На Границе между Армянской ССР и Азербайджанской ССР начались бои с применением артиллерии[4].
