Внутренний каркас занимает центральное положение внутри первичной внутренней сферы скелета и имеет форму полой, непористой сферы с отходящими от неё лучами, изометричного многогранника с цилиндрическими лучами четырёх-, шестии многолучевой спикулы и микросферы. Внутренний каркас связан со всеми другими частями скелета: основные иглы скелета являются непосредственным продолжением лучей внутреннего каркаса. В эволюции внутреннего каркаса прослеживается развитие двух основных скелетных элементов, возникших в истории радиолярий практически одновременно: полой сферы, появившейся в раннем кембрии, и спикулы, достоверные находки которой известны со среднего кембрия. Микросфера появляется в скелете радиолярий только в триасе.
Значение внутренних каркасов еще остается не выясненным, поскольку подобная структура не сохранилась в скелете у современных полицистин, только у насселярий.
Типы внутреннего каркаса (по усложнению)
Полая сфера — внутренний каркас представляет собой полую неперфорированную сферу с отходящими от нее полыми лучами. Не получил дальнейшего развития за счет массивности.
Полусфера — тип внутреннего каркаса встречается крайне редко и только у отдельных ордовикских представителей.
Многогранник — возможно, это первый шаг радиолярий на пути облегчения внутреннего каркаса скелета. Но и этот тип внутреннего каркаса не получил развития у других представителей радиолярий.
Спикула — внутренняя первичная структура, морфологический центр скелета, представляет собой n-лучевую фигуру (где значение n равно от 4−6 до 24), образованную одной первичной четырехлучевой спикулой или объединением двух первичных четырехлучевых спикул. Первичная спикула чаще всего располагается внутри сферы в ее центре, но иногда спикула расположена эксцентрично. На дистальном окончании лучей спикулы формируются основные иглы скелета.
Четырехлучевая спикула является универсальным первичным скелетным элементом радиолярий, устойчивым в пространстве и времени.
Спикула со срединной балкой. Строение внутреннего каркаса в виде шестилучевой спикулы со срединной балкой, видимо, отвечало более нормальному функционированию клетки. Шестии многолучевая спикула со срединной балкой образована из двух первичных четырехлучевых спикул. Этот тип спикулы характерен для сферических губчатых радиолярий, пористых представителей и радиолярий с пиломом.
Микросфера — первичная микросфера развивается от углов спикулы. Микросфера связана с внешней оболочкой скелета иглами, являющимися продолжением спикулы, при этом одна игла — антапикальная — возникает от антапикальной части пер вичной микросферы.
