1949 год. Американский ученый венгерского происхождения Джон фон Нэйманн (John von Naumann) разработал математическую теорию создания самовоспроизводящихся программ. Это была первая теория создания компьютерных вирусов, вызвавшая весьма ограниченный интерес у научного сообщества.
Начало 1970;х годов — обнаружен вирус Creeper в военной компьютерной сети APRAnet. Он попадал в сеть через модем и передавал свою копию удаленной системе. На зараженных системах вирус обнаруживал себя сообщением: «I'M THE CREEPER: CATCH ME IF YOU CAN». Для удаления этого безобидного вируса была создана программа Reaper, она распространялась по вычислительной сети и в случае обнаружения тела вируса Creeper уничтожала его.
В 1990;х годах появились первые полиморфные вирусы. В Болгарии появился так называемый «завод по производству вирусов». В течение этого года и ряда последующих лет было обнаружено огромное количество новых вирусов, которые имели именно болгарское происхождение. Это были целые семейства вирусов. Особенную активность проявлял некто Дарк Эвенджер, выпускавший в год по несколько новых вирусов, использовавших принципиально новые алгоритмы заражения и сокрытия себя в системе.
За десятилетие с 1990 по 2000 года широкое применение и большую значимость получили файловые, загрузочные и файлово-загрузочные вирусы. Появляются первые вирусы класса анти-антивирус, способные обходить защиту и оставаться незаметными. В январе 1996 года появились первые вирусы для операционной системы Windows и приложений Microsoft Office. К 2000 году стали популярны сетевые черви, распространяющиеся через интернет. В августе 2000 года была обнаружена первая вредоносная программа класса «Троянский конь», под названием «Liberty», предназначавшаяся для операционной системы PalmOS карманных компьютеров Palm Pilot.
В середине 2010;х годов наметился спад почтовых червей. По данным Лаборатории Касперского всего в 2005 году было 14 вирусных эпидемий, втрое меньше аналогичного показателя 2004 года (46 эпидемий). Крупнейших же эпидемий было зафиксировано всего четыре (модификации почтового червя).
К концу 2010;х годов выросла активность троянских программ. В 2008 году доля «троянцев» в общем объеме вредоносных программ составила 91,73%, а число таких программ выросло по сравнению с 2006 годом на 2,28%.
Идея вируса, заражающего другие программы и компьютеры, трансформировалась в криминальный бизнес. Будучи изначально творчеством вирусописателей-исследователей, компьютерные вирусы стали оружием в руках интернет-преступников.
В ряде стран уголовное законодательство предусматривает ответственность за компьютерные преступления, в том числе за создание и распространение вирусов.