Дно Байкала имеет ярко выраженный рельеф. Вдоль всего побережья Байкала в большей или меньшей степени развиты прибрежные мелководья (шельфы) и подводные склоны; выражено ложе трех основных котловин озера; есть подводные банки и даже подводные хребты.
Котловина Байкала делится на три котловины: Южную, Среднюю и Северную, отделённые друг от друга Двумя хребтами — Академическим и Селенгинским.
Наиболее выразителен Академический хребет, протянувшийся от острова Ольхон к Ушканьим островам (которые являются его самой высокой частью). Протяженность его около 100 км, максимальная высота над дном Байкала 1 848 м. Толщина донных отложений в Байкале достигает около 6 тыс. м, и как установлено гравиметрической съемкой, в Байкале затоплены одни из высочайших гор на Земле, высотой более 7 000 м.
Острова и полуострова
На Байкале 27 островов (Ушканьи острова, остров Ольхон, остров Ярки и другие).
Самый крупный из них — Ольхон (71 км в длину и 12 км в ширину, расположен почти в центре озера у его западного побережья, площадь — 729 км, по другим данным — 700 км. Крупнейший полуостров — Святой Нос.
Сейсмоактивность
Район Байкала (т. н. Байкальская рифтовая зона) относится к территориям с высокой сейсмичностью: здесь регулярно происходят землетрясения, сила большей части которых составляет один-два балла по шкале интенсивности MSK-64. Однако случаются и сильные; так, в 1862 году при десятибальном Кударинском землетрясении в северной части дельты Селенги ушёл под воду участок суши площадью 200 км с шестью улусами, в которых проживало 1 300 человек, и образовался залив провал. Сильные землетрясения отмечены также в 1903 году (Байкальское), 1950 году (Мондинское), 1957 году (Муйское), 1959 (Среднебайкальское). Эпицентр Среднебайкальского землетрясения находился на дне Байкала в районе посёлка Сухая (юго-восточное Побережье). Сила его достигала 9 баллов. В Улан-Удэ и Иркутске сила главного толчка достигла 5−6 баллов, наблюдались трещины и незначительные разрушения в зданиях и постройках. Последние сильные землетрясения на Байкале происходили в августе 2008 года (9 баллов) и в феврале 2010 (6,1 балла).