В октябре1553 годаМария Iкороновалась вЛондоне. Королеве было тридцать семь лет, двадцать из которых явились для неё годами испытаний. С первых же дней правления Мария принялась активно действовать: её главной задачей стало возвращение Англии в лоноКатолической Церкви, несмотря на то, что в Англии успело вырасти целое поколение, воспитанное в новой вере. В стране начались кровавые репрессиипо отношению кпротестантам.
В январе1554 годадворянинТомас Уайаттподнял восстание подантипапистскимилозунгами. После подавления этого стихийного выступления советники посоветовали Марии I заключить Елизавету вТауэр: младшая дочь Генриха, воспитанная в протестантской вере, была опасна. К тому же, по мнению королевы, Елизавета могла быть связана с Уайаттом и его последователями.
Здесь же, в Тауэре, был заключён друг её детства—Роберт Дадли. Существует версия, что молодые люди общались во время прогулок во внутреннем дворике Тауэра, и это общение стало началом их будущей любви.
В Англии росло недовольство политикой королевы. Оно стало очевидным после того, как летом1554 годав Лондон прибылФилипп Испанский— будущий супруг Марии. В преддверии своейсвадьбыкоролева освободила свою сестру из Тауэра. На решение королевы повлияло то, что Томас Уайатт перед казнью поклялся, что"миледи Елизавета никогда не знала о заговоре…".
Однако принцесса не осталась при дворе— её отправили вссылкувВудсток (графствоОксфордшир). В Вудстоке Елизавете не позволялось писать писем, а книги ей привозились только по строго утверждённому списку.
И вместе с тем, Елизавета по-прежнему считалась наследницей престола—бракМарии и Филиппа оказался бездетным. Елизавету вновь вернули в её резиденцию Хэтфилд-хаус, и скромный двор принцессы сразу стал привлекать молодых аристократов. Кроме того, сам Филипп благоволил своей родственнице: он испытывал к ней гораздо бомльшую симпатию, нежели к своей хмурой супруге. Ему также не хотелось портить отношения с наследницей престола: Мария была крайне не здорова.
В начале ноября1558 годакоролева Мария почувствовала, что дни её сочтены. Совет настаивал, чтобы она официально назначила наследницей сестру, но королева сопротивлялась: она знала, что Елизавета вернёт в Англию ненавистный Марии протестантизм. Только под давлением Филиппа Мария уступила требованию своих советников, понимая что в противном случае страна может погрузиться в хаос гражданской войны.
Королева скончалась17 ноября1558 года, оставшись в истории как Мария Кровавая (или Кровавая Мэри). Елизавета, получив известие о смерти сестры сказала:"Господь так решил. Чумдны дела его в наших глазах".