Иван IV активно вмешивался в дела церкви. Усиление государства во главе с царем, ослабление позиций феодальной знати вновь ставит вопрос о месте церкви в обществе и государстве. В 1551 г. был собран так называемый Стоглавый собор, утвердивший, освятивший Судебник и одобривший проводимые реформы. Царь представил церковному собору длинный список недостатков в церковной жизни, для исправления которых собор предпринял меры, изложенные в 100 главах (отсюда «Стоглав»). Согласно «Стоглаву» были установлены нормы внутренней жизни духовенства, учреждены «поповские старосты» для надзора за духовенством, признаны общерусскими «местночтимые» святые. «Стоглав» ограничил церковные владения и финансовые привилегии. Между церковью и царской властью достигается компромисс. Открывая Стоглавый Собор, Иван IV обращается с такой речью: «Ныне молю вас, о богособранный Собор, ради Бога и Пречистой Богородицы и всех Святых трудитесь для непорочной и Православной веры, утвердите и изъясните, как предали нам свв. отцы по Божественным правилам, и, если бы пришлось, даже пострадайте за Имя Христово, хотя вас не ожидает ничего, кроме труда и разве еще поношения от безумных людей: на то я и собрал вас. А сам я всегда готов вместе и единодушно с вами исправлять и утверждать православный Закон, как наставит нас Дух Святой. Если, по нерадению вашему, окажется какое-либо нарушение Божественных правил, я в том непричастен, и вы дадите ответ перед Богом. Если я буду вам сопротивен, вопреки Божественных правил, вы о том не молчите; если буду преслушником, воспретите мне без всякого страха, да жива будет моя душа, да непорочен будет православный христианский Закон и да славится Пресвятое Имя Отца и Сына и Святаго Духа».
Проводимые реформы, ограничивающие власть феодалов, встречают их сопротивление, несогласие с царской политикой, неподчинение воле царя. Провести их в жизнь полностью так и не удалось в основном из-за разногласий среди самих реформаторов и их ссоры с царем в 1560 году. Проблемы централизации и укрепления власти, борьба с оппозицией принимают самые ужасные, кровавые формы. Постепенно реформы сошли на нет.
