Роль адаптационных систем грамположительных и грамотрицательных бактерий в регуляции биосинтеза гидролитических ферментов
Диссертация
Апробация работы. Основные положения диссертационной работы были представлены на III, IV, V Международных симпозиумах по РНКазам (Капри, 1993; Гронинген, 1996; Уоррентон, 1999), VI конференции «Новые направления биотехнологии» (Пущино, 1994), Международных симпозиумах по биотехнологии (Брайтон, 1994; Мельбурн, 1995), Международной конференции «Молекулярная биология на рубеже XXI века» (Москва… Читать ещё >
Содержание
- СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
- ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. Механизмы регуляции биосинтеза бактериальных ферментов на уровне транскрипции
- 1. 1. Роль структуры промоторов в регуляции экспрессии генов и сигма-факторы бактериальной клетки
- 1. 2. Механизмы позитивной регуляции экспрессии бактериальных генов на уровне транскрипции
- 2. Механизмы ответа бактериальных клеток на стресс
- 2. 1. Белки ответа на стресс у грамотрицательных бактерий на примере E. col
- 2. 2. Белки ответа на стресс у грамположительных бактерий на примере B. subtilis
- 2. 3. Осмоадаптация бактерий. Специфическая и неспецифическая реакция на повышенные концентрации соли в среде обитания
- 2. 4. Адаптивный мутагенез и SOS-ответ клеток
- 3. Структура, функции и регуляция биосинтеза некоторых секретируемых гидролитических ферментов бактерий
- 3. 1. Хитиназы
- 3. 2. Рибонуклеазы
- 3. 3. Протеазы
Список литературы
- Аглиуллина, Д. Г. Выделение, очистка и некоторые свойства внеклеточной РНКазы Bacillus amylozyma / Д. Г. Аглиуллина, М. И. Беляева // Микробиология. — 1976.-Т.45.-С. 247−252.
- Актуганов, Г. Э. Хитинолитическая активность бактерий Bacillus Cohn. -антагонистов фитопатогенных грибов / Г. Э. Актуганов, А. И. Мелентьев, Л. Ю. Кузьмина и др. // Микробиология. 2003. — Т. 72, № 3. — С. 356−360.
- Арбузов, В. А. Белковый синтез и разрушение информационной РНК у Escherichia coli I В. А. Арбузов, С. Р. Мардашев // Биохимия. 1974. — Т. 39. — С. 851−863.
- Асеева, И. В. Биосинтез рибонуклеаз почвенными микобактериями / И. В. Асеева, Н. С. Паников // Прикл. биохимия и микробиология. 1974. — Т. 10. -С. 533−538.
- Бабынин, Э. В. SOS-индуцибельные ДНК-полимеразы и адаптивный мутагенез / Э. В. Бабынин // Генетика. 2004. — Т. 40, № 5. — С. 581−591.
- Балабан, Н. П. Секретируемая сериновая протеиназа спорообразующих бактерий Bacillus intermedius / Н. П. Балабан, М. Р. Шарипова, Е. Л. Ицкович и др. // Биохимия. 1994. — Т. 59, № 9. — С. 1393−1400.
- Банникова, Г. Е. Выделение внутриклеточных ингибиторов бактериальных РНКаз на колонке с иммобилизованной РНКазой Bacillus intermedius / Г. Е. Банникова, В. П. Варламов // Прикл. биохимия и микробиология. 1994. -Т. 30.-С. 379−383.
- Башкис Э. В. Подбор и оптимизация комплексной питательной среды для биосинтеза рибонуклеазы Bacillus subtilis КР349 / Э. В. Башкис, А. Б. Рагавичус // Труды ВНИИПЭ: Производство и применение микробных ферментных препаратов.- 1976.-Т.З. С. 24−44.
- Безбородов, А. М. Биосинтез рибонуклеазы культурой Actinomyces levoris 2789 / А. М. Безбородов, Г. С. Иванова, JI. И. Юрьева // Прикл. биохимия и микробиология. 1967. — Т. 3. — С. 30−36.
- М.Безбородов, А. М. Секреция ферментов у микроорганизмов / А. М. Безбородов, Н. И. Астапович. М.: Наука, 1984. — 58 с.
- Безбородова, С. И. Внеклеточные рибонуклеазы в сравнительном аспекте / С. И. Безбородова, А. М. Безбородов // Биосинтез микроорганизмами нуклеаз и протеаз. М, 1979. — С. 92−103.
- Беляева, М. И. Биосинтез нуклеаз микроорганизмами / М. И. Беляева, Д. В. Юсупова, И. Б. Лещинская // Биосинтез микроорганизмами нуклеаз и протеаз. М, 1979. — С. 5−22.
- Вельков, В. В. Новые представления о молекулярных механизмах эволюции: стресс повышает генетическое разнообразие / В. В. Вельков // Молекулярная биология. 2002. — Т. 36, № 2. — С. 277−285.
- Верзилов, В. В. Оптимальные питательные среды для образования нуклеаз актиномицетами / В. В. Верзилов, В. Н. Максимов, Н. А. Красильников // Микробиология. 1972. — Т. 41. — С. 964−972.
- Вершинина, О. A. Pho регулоны бактерий / О. А. Вершинина, Л. В. Знаменская // Микробиология. 2002. — Т. 71, № 5. — С. 581−595.
- Влахов, С. И. Индукция биосинтеза эластазы Streptomyces sp. 82 / С. И. Влахов, П. К. Дал ев, П. В. Кабаджева, В. В. Горева // Антибиотики и химиотерапия. 1996. — Т. 41, № 4. — С. 16−22.
- Головлев, Е. JL Введение в биологию стационарной фазы бактерий: механизм общего ответа на стрессы / Е. JI. Головлев // Микробиология. 1999. -Т. 68, № 5.-С. 623−631.
- Голышин, П. Н. Внеклеточные щелочные рибонуклеазы бацилл вечномерзлых грунтов Колымской низменности / П. Н. Голышин., С. П. Комбарова, Н. Ф. Рябченко, Е. А. Воробьева и др. // Прикл. биохимия и микробиология. 1993. — Т. 29, № 6. — С. 41−44.
- Гребешова, Р. Н. Сериновая протеаза Bacillus subtilis R / Р. Н. Гребешова, J1. Сальседо-Торрес, М. А. Идальго // Прикл. биохимия и микробиология. 1999. -Т. 35, № 2.-С. 150−154.
- Гришина, И. Б. Ионные пары в структуре рибонуклеазы Bacillus intermedius 7Р / И. Б. Гришина, А. А. Макаров, Д. В. Кузнецов, Д. Г. Васильев, Ф. Т. Павловский // Биофизика. 1993. — Т. 38, № 1. — С. 22−30.
- Гроссман, С. Математика для биологов / С. Гроссман, Д. Тернер. М.: Высшая школа, 1983. — 385 с.
- Дебабов, В. Г. Жизнь бактерий за стенами лабораторий / В. Г. Дебабов // Молекулярная биология. 1999. -Т. 33, № 6. — С. 1074−1084.
- Дементьев, А. А. Межвидовые структурные различия внеклеточных рибонуклеаз бацилл: автореф. дис. канд. биол. наук / A.A. Дементьев- ИМБ РАН. М., 1993.-24 с.
- Дементьев, А. А. Внеклеточная щелочная рибонуклеаза Bacillus thuringiensis var. Subtoxicus / А. А. Дементьев, Н. Ф. Рябченко, И. И. Протасевич, П. Н. Голышин и др. // Молекулярная биология. 1992. — Т. 26, Вып. 6. — С. 13 381 349.
- A. А. Дементьев, М. П. Кирпичников, О. А. Миргородская, Г. П. Моисеев и др. // Молекулярная биология. 1996. — Т. 30. — С. 1193−1202.
- Демидюк, И. В. Особенности функциональной организации глутамилэндопептидаз / И. В. Демидюк, С. В. Костров // Молекулярная биология, — 1999.-Т. 33,№ 1.-С. 100−105.
- Демина, H. Н. Сенсорно-регуляторные системы бактерий / H. Н. Демина, С. Г. Камзолова // Успехи современной биологии. 1992. — Т. 112, Вып. 2. — С. 238−251.
- Дужак, А. Б. Образование внеклеточных хитиназ природным (В-10) и мутантным (М-1) штаммами Serratia marcescens / А. Б. Дужак, 3. И. Панфилова, Е. А. Васюнина // Прикл. биохимия и микробиология. 2002. — Т. 38, № 3. — С. 248−256.
- Дунаевский, Я. Е. Влияние состава среды на количественный и качественный состав внеклеточных протеиназ микромицетов / Я. Е. Дунаевский, Т. Н. Грубань, Г. А. Белякова, М. А. Белозерский // Микробиология. 1999. — Т. 68, № 3. — С. 324−329.
- Егоров, С. Ю. Регуляция жизнедеятельности микроорганизмов -стимуляторов роста растений / С. Ю. Егоров. Казань.: Изд-во КГУ, 2003. — 100 с.
- Ежов, В. А. Влияние температуры и рН культивирования на биосинтез внеклеточных фосфогидролаз культурой Penicillium brevi-compacium /
- B. А. Ежов // Прикл. биохимия и микробиология. 1978. — Т. 14. — С. 354−360.
- Ежов, В. А. Влияние ортофосфата на биосинтез внеклеточных фосфогидролаз Penicillium brevi-compacium / В. А. Ежов, Н. И. Санцевич,
- C. И. Безбородова//Микробиология. 1986. — Т. 45. — С. 253−258.
- Ерохина, JI. И. Щелочные протеиназы рода Bacillus / JI. И. Ерохина, Е. О. Добржанская // Биосинтез микроорганизмами нуклеаз и протеаз. М, 1979. -С. 244−268.
- Женодарова, С. М. Внеклеточные рибонуклеазы грибов / С. М. Женодарова // Прикл. биохимия и микробиология. 2001. — Т. 37, № 1. — С. 19−28.
- Знаменская, J1. В. Оптимизация условий культивирования Bacillus intermedius для повышения биосинтеза щелочной внеклеточной РНКазы / J1. В. Знаменская, Г. И. Клейнер, Б. Я. Паэгле и др. // Микробиология. 1980. — Т. 49, Вып. 5. — С. 722−726.
- Знаменская, J1. В. Влияние неорганического фосфата на рост и биосинтез щелочной внеклеточной РНКазы Bacillus intermedius / Jl. В. Знаменская, М. Н. Капранова, Г. И. Клейнер, И. Б. Лещинская // Микробиология. 1982. — Т. 51, Вып. 5.-С. 776−779.
- Знаменская, Л. В. Влияние хлорамфеникола и актиномицина Д на биосинтез щелочной внеклеточной РНКазы Bacillus intermedius / Л. В. Знаменская, Е. Р. Ромахина, Г. И. Клейнер, И. Б. Лещинская // Микробиология. 1984. Т. 53, Вып. 5. — С. 796−802.
- Знаменская, Л. В. Биосинтез внеклеточной щелочной РНКазы из Bacillus pumilus / Л. В. Знаменская, В. Л. Ивайловский, Е. И. Иванова и др. // Микробиология. 1994. — Т. 63, Вып. 6. — С. 986−991.
- Иваница, В. А. Влияние аминокислот как единственного источника азота на биосинтез экзопротеаз Aspergillus Candidus / В. А. Иваница, Н. С. Егоров, М. А. Аль-Нури // Микробиология. 1978. — Т. 47, № з. с. 424−429.
- Иванова, Г. С. Ферменты микроорганизмов / Г. С. Иванова, А. М. Безбородов. М.: Наука, 1973. — С. 177−182.
- Камзолова, С. Г. Роль Р-субъединицы РНК-полимеразы Escherichia coli в регуляции активности генов / С. Г. Камзолова, О. Н. Озолинь // Молекулярная биология. 1980. — Т. 14, № 4. — С. 759−765.
- Капранова, М .Н. Влияние экзогенных факторов на синтез внеклеточной щелочной рибонуклеазы Bacillus mesentericus / М. Н. Капранова, М. Н. Филимонова, И. Б. Лещинская, Д. В. Юсупова, М. И. Беляева // Микробиология. 1978. — Т. 47. — С. 436−440.
- Кварцхелия, М. Т. Минерализация нуклеиновой кислоты споровыми микроорганизмами / М. Т. Кварцхелия, М. И. Беляева // Микробиология. 1962. -Т. 31, Вып. 2.-С. 216−220.
- Кожаринова, Л. В. Клонирование гена внеклеточной РНКазы Bacillus thuringiensis var subtoxicus / Л. В. Кожаринова, Н. Д. Федорова, М. Ю. Передельчук др. // Биотехнология. 1994. — № 2. — С. 9−11.
- Колев, Д. А. Репрессия синтеза экзопротеиназ у штамма 9011-формы Bacillus mesentericus аминокислотами / Д. А. Колев // Микробиология. 1986. -Т. 55,№ 4.-С. 295−300.
- Колпаков, А. И. Изменение некоторых биологических свойств лактобацилл под влиянием экзогенной рибонуклеазы / А. И. Колпаков, Ф. Г. Куприянова-Ашина, Е. М. Горская // Антибиотики и химиотерапия. 1996. -Т. 41, № 10.-С. 16−18.
- Колпаков, А. И. Влияние РНКазы Bacillus intermedius на рост дрожжей в зависимости от концентрации внеклеточного фермента / А. И. Колпаков, Ф. Г. Куприянова-Ашина, И. Б. Лещинская // Микробиология. 2000. — Т. 69, № 4.-С. 478−482.
- Комарова, Т. И. Роль низкомолекулярных азотистых соединений в осмотолерантности бактерий родов Rhodococcus и Arthrobacter / Т. И. Комарова, Т. В. Коронелли, Е. А. Тимохина // Микробиология. 2002.- Т. 71, № 2. — С. 166 170.
- Королева, О. Н. Модельный прокариотический промотор. III. Клонирование и исследование функциональной активности in vivo I
- О. Н. Королева, И. JL Шилов, В. Н. Сергеев, В. JL Друца // Молекулярная биология. 1994. — Т. 28, Вып. 5. — С. 1183−1190.
- Королева, О. Н. Модельный прокариотический промотор. IV. Свойства конструкций, содержащих регуляторные повторы последовательности Прибнова / О. Н. Королева, В. JI. Друца, С. В. Басби // Молекулярная биология. 1996. — Т. 30, Вып. 5.-С. 1032−1043.
- Краснов, С. И. Комплекс программ «ВЮРТ» для оптимизации в биологических исследованиях / С. И. Краснов, JL В. Знаменская // Биол. науки. -1992.-Т.2.-С. 15−17.
- Куриненко, Б. М. Антивирусные свойства модифицированной рибонуклеазы Bacillus intermedius / Б. М. Куриненко, Н. В. Калачева, П. И. Муратов // Антибиотики и химиотерапия. 1995. — Т. 40, № 9. — С. 17−19.
- Ланцов, В. А. Бактериальный белок RecA: биохимический, генетический и физико-химический анализ / В. А. Ланцов // Генетика. 1985. — Т. 21, № 9.- С. 1413−1427.
- Лещинская, И. Б. Препаративное получение рибонуклеазы Bacillus intermedius / И. Б. Лещинская, Р. Ш. Булгакова, Н. П. Балабан, Г. С. Егорова // Прикл. биохимия и микробиология. 1974. — Т. 10, № 2. — С. 242−247.
- Лещинская, И. Б. Нуклеодеполимеразы сапрофитных бактерий / И. Б. Лещинская. Казань.: Изд-во КГУ, 1975. — 180 с.
- Лещинская, И. Б. Нуклеазы бактерий / И. Б. Лещинская, В. П. Варламов, Б. М. Куриненко. Казань: Изд-во КГУ, 1991.-230 с.
- Лещинская, И. Б. Глутамилэндопептидаза Bacillus intermedius 3−19. Выделение, свойства, кристаллизация / И. Б. Лещинская, Е. В. Шакиров, Е. Л. Ицкович др. // Биохимия. 1997. — Т. 62, Вып. 8. — С. 1052−1059.
- Максимов, В. Н. Многофакторный эксперимент в биологии / В. Н. Максимов. М.: Изд-во Моск. университета, 1980. — 279 с.
- Мелентьев, А. И. Роль хитиназы в проявлении антигрибной активности штаммом Bacillus sp. 739 / А. И. Мелентьев, Г. Э. Актуганов, Н. Ф. Галимзянова // Микробиология. 2001. — Т. 70, № 5. — С. 636−641.
- Мосолова, О. В. Glu, Asp-специфичная протеиназа актиномицетов / О. В. Мосолова, Г. Н. Руденская, В. М. Степанов, О. М. Ходова, И. А. Цаплина // Биохимия. 1987. — Т. 52, Вып. 3. — С. 414−422.
- Мудерризаде, А. Очистка и характеристика щелочной протеиназы штамма Bacillus subtilis / А. Мудерризаде, М. Я. Инсари, С. Апологлу // Прикл. биохимия и микробиология. 2001. — Т. 37, № 6. — С. 648−651.
- Никифоров, В. Г. РНК-полимераза бактерий: сравнительные исследования / В. Г. Никифоров // Успехи микробиологии. 1987. — Т. 21. — С. 105−251.
- Никифоров, В. Г. Структурно-функциональные исследования РНК-полимеразы (1962−2001) / В. Г. Никифоров // Молекулярная биология. 2002. -Т.36, № 2. — С. 197−207.
- Павлова, И. Н. Сериновые протеиназы термофильных бацилл / И. Н. Павлова, Л. Г. Жолнер // Микробиология. 1994. — Т. 63, № 5. — С. 8−16.
- Ревина, Л. П. Исследование действия Glu, Asp-специфичной протеиназы Streptomyces thermovulgaris на пептидные субстраты / Л. П. Ревина,
- Н. В. Хайдарова, Г. Н. Руденская и др. // Биохимия. 1989. — Т. 54, № 5. — С. 846 850.
- Ригетти, П. Изоэлектрическое фокусирование: теория, методы и применение / П. Ригетти.- М.: Мир, 1986. 398 с.
- Романова, Ю. М. Влияние фактора некроза опухоли на размножение вегетативных и некультивируемых форм сальмонелл / Ю. М. Романова, Н. В. Алексеева, Т. В. Степанова, М. В. Разумихин и др. // Микробиол. журн-2002.-№ 4.-С. 20−25.
- Руденская, Г. Н. Глутамилэндопептидазы микроорганизмов новое подсемейство химотрипсиновых протеиназ / Г. Н. Руденская // Биоорганическая химия. — 1998. — Т. 24, № 4. — С. 256−261.
- Сазыкин, Ю. О. Антибиотики и оболочка бактериальной клетки / Ю. О. Сазыкин, П. С. Навашин. М.: ВИНИТИ. Итоги науки и техники, серия Биотехнология, 1991. — С. 9−10.
- Сафонова, М. Е. Особенности роста и продукции внеклеточных протеиназ Lactobacillus plantarum ИМ-9/138 / М. Е. Сафонова, Н. И. Астапович, И. А. Буряко // Микробиология. 1999. — Т. 68, № 4. — С. 449−452.
- Сингер, М. Гены и геномы / М. Сингер, П. Берг. М.: Мир, 1998. — 373 с.
- Слабоспицкая, А. Т. Хитиназы аэробных спорообразующих бактерий, выделенных из различных экологических источников / А. Т. Слабоспицкая, С. С. Крымовская // Микробиол. журнал. 1992. — Т. 54. — С. 16−22.
- Струминская, Н. К. Внеклеточная рибонуклеаза из Bacillus pumilus / Н. К. Струминская, В. Д. Ивайловский, А. А. Дементьев, Г. П. Моисеев и др. // Биол. науки. 1992. — Т. 2. — С. 41−44.
- Тепляков, А. В. В. Кристаллическая структура термитазы и стабильность субтилизинов / А. В. Тепляков, И. П. Куранова, Э. Г. Арутунян и др. // Биоорганическая химия. 1990. — Т. 16, № 4. — С. 437−447.
- Тиунова, Н. А. Хитинолитические ферменты микроорганизмов / Н. А. Тиунова // Успехи биологической химии. 1989. — Т. 30. — С. 199−219.
- Трачук, JI. А. Хитиназы Bacillus cereus: выделение и характеристика / Л. А. Трачук, Т. М. Шемякина, Г. Г. Честухина, В. М. Степанов // Биохимия. -1996. Т. 61, Вып. 2. — С. 357−368.
- Троценко, Ю. А. Особенности биологии и осмоадаптации галоалкалофильных метанотрофов / Ю. А. Троценко, В. Н. Хмелинина // Микробиология. 2002. — Т. 71, № 2. — С. 149−159.
- Уайлд, Д. Методы поиска экстремума / Д. Уайлд. М.: Наука, 1987. — 254с.
- Федорова, Н. Д. Клонирование гена внеклеточной РНКазы B.circulans I Н. Д. Федорова, А. А. Шульга, М. Ю. Передельчук, Л. В. Кожаринова и др. // Молекулярная биология. 1994. — Т. 28, № 2. — С. 468−471.
- Феофилова, Е. П. Клеточная стенка грибов / Е. П. Феофилова. М.: Наука, 1983.-248 с.
- Фогарти, В. М. Микробные ферменты и их биотехнология / В. М. Фогарти. М.: Мир, 1986. — 354 с.
- Фомин, Д. X. Образование внеклеточных РНКаз микроорганизмов на синтетической среде / Д. X. Фомин, Л. Ю. Шевченко // Микробиол. журнал. -1972.-Т. 34.-С.278−282.
- ЮО.Хайдарова, Н. В. Glu, Asp-специфичная протеиназа из Streptomyces thermovulgaris / Н. В. Хайдарова, Г. Н. Руденская, Л. П. Ревина, В. М. Степанов и др. // Биохимия. 1989. — Т. 54, Вып. 1. — С. 46−52.
- Ю1.Хартман, К. Планирование экспериментов в исследовании технологических процессов / К. Хартман, Э. Лецкий, В. Шефер. М.: Мир, 1977. -552 с.
- Цфасман, И. М. Особенности биогенеза щелочной фосфатазы Escherichia coli при ее сверхсинтезе / И. М. Цфасман, А. О. Бадякина, Н. Е. Нагорная и др. // Молекулярная биология. 1993. — Т. 27, Вып. 4. — С. 805 815.
- ЮЗ.Часов, В. В. А/Т треки в структуре промоторов Escherichia coli: характер распределения и функциональное значение / В. В. Часов, А. А. Деев, И. С. Масулис и др. // Молекулярная биология. 2002. — Т.36, № 4. — С. 682−688.
- Чернокальская, Е. Б. Клонирование и экспрессия структурного гена РНКазы Bacillus iniermedius 7Р / Е. Б. Чернокальская, Е. Р. Ромахина, Н. П. Балабан, М. Р. Шарипова и др. // Биол. науки. 1992. — Т. 2. — С. 45−49.
- Ю5.Чигалейчик, А .Г. Внеклеточная хитиназа Aeromonas liquefaciens / А. Г. Чигалейчик, Д. А. Пириева // Прикл. биохимия и микробиология. 1976. -Т. 12, Вып. 2.-С. 238−242.
- Шапот, В. С. Нуклеазы / В. С. Шапот. М.: Медицина, 1968. — 211 с.
- Ю7.Шарипова, М. Р. Синтез и секреция фосфогидролаз и протеазы Bacillus iniermedius / М. Р. Шарипова, В. И. Вершинина, Н. П. Балабан, И. Б. Лещинская //Микробиология. 1987.-Т. 56,№ 5.-С. 805−811.
- Ю8.Шарипова, М. Р. Локализация протеолитических ферментов в клетках Bacillus iniermedius / М. Р. Шарипова, Е. В. Шакиров, Н. П. Балабан и др. // Микробиология. 2000. — Т. 69, № 5. — С. 660−667.
- Ю9.Шарипова, М .Р. Гидролитические ферменты и спорообразование у Bacillus iniermedius / М. Р. Шарипова, Н. П. Балабан, Л. А. Габдрахманова и др. // Микробиология. 2002. — Т. 71, № 4. — С. 494−499.
- Шахова, Т. В. Актиномицеты-продуценты нуклеаз / Т. В. Шахова, С. А. Коновалов, Г. И. Хомякова //Биосинтез микроорганизмами нуклеаз и протеаз. М, 1979. — С. 33−42.
- Шляпников, С. В. Аминокислотная последовательность и каталитические свойства внеклеточной рибонуклеазы Bacillus coagulans / С. В. Шляпников, А. А. Дементьев // ДАН РАН. 1993. — Т. 332, № 3. — С. 238 240.
- Шульга, A.A. Суперпродукция рибонуклеазы Bacillus intermedins 7Р (биназы) в Escherichia coli / А. А. Шульга, А. Л. Окороков, К. И. Панов, Ф. Т. Курбанов и др.// Молекулярная биология. 1994. — Т. 28. — С. 453−463.
- Шульга, A.A. Рибонуклеаза из Bacillus ihuringiensis var. Subtoxicus. Структура гена и регуляция биосинтеза / А. А. Шульга, Л. В. Знаменская, О. В. Морозова, И. Б. Лещинская и др. // Биоорганическая химия. 2000. -Т. 26, № 9. — С. 673−679.
- Юсупова, Д. В. Нуклеодеполимеразная активность бактерий в связи с некоторыми особенностями их физиологии / Д. В. Юсупова. Казань: Изд-во КГУ, 1978.-204 с.
- Юсупова, Д. В. Индукция синтеза внеклеточной эндонуклеазы Serratia marcescens агентами, подавляющими репликацию ДНК / Д. В. Юсупова, Р. Б. Соколова, О. В. Порфирьева, А. 3. Пономарева // Микробиология. 1991. -Т. 60, Вып. 2. — С. 279−284.
- Пб.Юсупова, Д. В. Эндонуклеаза Serratia marcescens. Новые продуценты фермента / Д. В. Юсупова, О. В. Порфирьева, Р. Б. Соколова, Е. В. Петухова // Биотехнология. 1992. — № 1. — С. 26−29.
- Юсупова, Д. В. Индукция синтеза внеклеточной эндонуклеазы Serratia marcescens под влиянием агентов, вызывающих повреждения ДНК / Д. В. Юсупова, Р. Б. Соколова, Е. В. Петухова, И. Е. Черепнева // Биотехнология. -1992.-№ 5.-С. 78−80.
- Юсупова, Д. В. Влияние налидиксовой кислоты и митомицина С на рост и биосинтез внеклеточных белков Serratia marcescens / Д. В. Юсупова, Р. Б, Соколова, Е. В. Петухова // Антибиотики и химиотерапия. 1993. — Т. 38, № 8−9.-С. 16−21.
- Яковлев, Г. И. Специфичность РНКазы Bacillus intermedins 7Р в реакциях расщепления полинуклеотидов / Г. И. Яковлев, Н. К. Чепурнова, Г. П. Моисеев и др. // Биоорганическая химия. 1987. — Т. 13. — С. 338−343.
- Abu Kwaik, Y. Cloning and molecular characterization of a Legionella pneumophila gene induced by intracellular infection and by various in vitro stress conditions / Y. Abu Kwaik, N. C. Engleberg // Mol. Microbiol. 1994. — V. 13. — P. 243−251.
- Adinarayana, K. Response surface optimization of the critical medium components for the production of alkaline protease by a newly isolated Bacillus sp. / K. Adinarayana, P. Ellaiah // J. Pharm. Pharmaceut. Sci. 2002. — V. 5. — P. 272−278.
- Aizawa, S. I. Signaling components in bacterial locomotion and sensory reception / S. I. Aizawa, C. S. Harwood, R. J. Kadner // J. Bacteriol. 2000. — V. 182. -P. 1459−1471.
- Akatsuka, H. Overproduction of the extracellular lipase is closely related to that of metalloprotease in Serratia marcescens / H. Akatsuka, E. Kawai, K. Omori, S. Komatsubara et al. // J. Ferment. Bioeng. 1996. — V. 81. — P. 115−120.
- Akatsuka, H. Lipase secretion by bacterial hybrid ATP-binding cassette exporters: molecular recognition of the LipBCD, PrtDEF and HasDEF exporters / H. Akatsuka, R. Biner, B. Kawai et al. // J. Bacteriol. 1997. — V. 179. — P. 47 544 760.
- Albright, L. M. Prokaryotic signal transduction mediated by sensor and regulator protein pairs / L. M. Albright, E. Huala, F. M. Ausubel // Annu. Rev. Genet. 1989.-V.23.-P.311−336.
- AH, N. O. Regulation of the acetoin catabolic pathway is controlled by Sigma L in Bacillus subtilis / N. O. Ali, J. Bignon, G. Rapoport // J. Bacteriol. 2001. — V. 183.-P. 2497−2504.
- Alice, A. F. DNA supercoiling and osmoresistance in Bacillus subtilis 168 / A. F. Alice, C. Sanchez-Rivas // Curr. Microbiol. 1997. — V. 35. — P. 309−315.
- Altschul, S. F. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs / S. F. Altschul, T. L. Madden, A. Schaumluffer, J. Zhang et al. //Nucleic Acids Res. 1997. — V. 25. — P. 3389−3402.
- Amemura, M. Nucleotide sequence of the phoM region of Escherichia coli: four open reading frames that may constitute an operon / M. Amemura, K. Makino, H. Shinagawa, A. Nakata // J. Bacteriol. 1986. — V. 168. — P. 294−302.
- Anfinsen, C. B. Studies of gross structure, cross-linkage and terminal sequences in ribonuclease / C. B. Anfinsen, R. R. Redfield, W. I. Choate, J. Page et al. // J. Biol. Chem. 1954. — V. 207. — P. 201−210.
- Angelidis, A. S. Three transporters mediate uptake of glycine betaine and carnitine by Listeria monocytogenes in response to hyperosmotic stress / A. S. Angelidis, G. M. Smith // Appl. Environ. Microbiol. 2003. — V. 69. — P. 10 131 022.
- Antelman, H. Phosphate starvation-inducible proteins of Bacillus subtilis. Proteomics and transcriptional analysis / H. Antelman, C. Scharf, M. Hecker // J. Bacteriol. 2000. — V. 182. — P. 4478−4490.
- Appel, M. A method for the quantitative assessment of wound-induced chitinase activity in potato tubers / M. Appel, W. Riesde, J-H. Hofmeyer, D. Bellstedt // J. Phytopathol. 1995. — V. 143. — P. 525−529.
- Arakane, Y. Comparison of chitinase isozymes from yam tuber enzymatic factor controlling the lytic activity of chitinases / Y. Arakane, H. Hoshika, N. Kawashima, C. Fujiya-Tsujimoto et al. // Biosci. Biotechnol. Biochem. — 2000 — V. 64.-P. 723−730.
- Arakawa, T. The stabilization of proteins by osmolytes / T. Arakawa, S. N. Timasheff// Biophys. J. 1985. — V. 47. — P. 411−414.
- Araki, T. Structural classification of plant chitinases: two subclasses in class I and class II chitinases / T. Araki, T. Torikata // Biosci. Biotech. Biochem. 1995. — V. 59.-P. 336−338.
- Arnosti, D.N. Characterization of heat shock in Bacillus subtilis / D. N. Arnosti, V.L. Singer, M. J. Chamberlin // J. Bacteriol. 1986. — V. 168. -P. 1243−1249.
- Auble, D. T. Promoter recognition by Escherichia coli RNA polymerase. Effect of substitutions in the spacer DNA separating the -10 and -35 regions /
- D. T. Auble, T. L. Allen, P. L. Haseth // J. Biol. Chem. 1986. — V. 261, N. 24. — P. 11 202−11 206.
- Axe, D. D. Application of 3'P nuclear magnetic resonance spectroscopy to investigate plasmid effects on Escherichia coli metabolism / D. D. Axe, J. E. Bailey // Biotechnol. Lett. 1987. — V. 9. — P. 83−88.
- Axe, D. D. An irregular beta-bulge common to a group of bacterial RNases is an important determinant of stability and function in barnase / D. D. Axe, N. W. Foster, A. R. Fersht // J. Mol. Biol. 1999. — V. 286. — P. 1471−1485.
- Ayers, D. Y. Promoter recognition by Escherichia coli RNA polymerase. Role of the spacer DNA in functional complex formation / D. Y. Ayers, D. T. Auble, P. L. de Haseth // J. Mol. Biol. 1989. -V. 207. — P. 749−756.
- Bailey, S. A. Influence of DNA base sequence on the binding energetics of actinomycin D / S. A. Bailey, D. E. Graves, R. Rill, G. Marsch // Biochemistry. -1993.-V. 32.-P. 5881−5887.
- Ball, T. K. Expression of Serratia marcescens extracellular proteins requires recA / T. K. Ball, C. R. Wasmuth, S. C. Braunagel, M. J. Benedik // J. Bacteriol. -1990.-V. 172.-P. 342−349.
- Banerjee, A. Induction of secretory acid proteinase in Candida albicans / A. Banerjee, K. Ganesan, A. Datta // J. Gen. Microbiol. 1991. — V. 137. — P. 24 552 461.
- Barnard, A. Regulation at complex bacterial promoters: how bacteria use different promoter organizations to produce different regulatory outcomes / A. Barnard, A. Wolfe, S. Busby // Curr. Opin. Microbiol. 2004. — V. 7. — P. 102−108.
- Barne, K. A. Region 2.5 of the Escherichia coli RNA polymerase a70-subunit is responsible for he recognition of the extended -10 motif at promoters / K. A. Barne, J. A. Bown, S. J. W. Busby, S. D. Minchin // EMBO J. 1997. — V. 16. — P. 40 344 040.
- Barrett, A.J. Proteolytic enzymes: serine and cysteine peptidases / A. J. Barrett // Methods Enzymol. 1994. — V. 244. — P. 1−15.
- Barrett, A.J. Proteolytic enzymes: aspartic and metallopeptidases / A. J. Barrett // Methods Enzymol. 1995. — V. 248. — P. 183.
- Barrett, A.J. Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Enzyme Nomenclature.
- Recommendations 1992. Supplement 4: corrections and additions / A. J. Barrett // Eur. J. Biochem. 1997. — V. 250, N. 1. — P. 1−6.
- Barrett, A.J. Bioinformatics of proteases in the MEROPS database / A. J. Barrett//Curr. Opin.DrugDiscov.Devel.-2004.-V.l.-P. 334−341.
- Barrett, A.J. Families and clans of serine peptidases / A.J.Barrett, N. D. Rawlings // Arch. Biochem. Biophys. 1995. — V. 318. — P. 247−250.
- Barrett, A.J. Evolutionary lines of cysteine peptidases / A. J. Barrett, N. D. Rawlings // Biol. Chem. 2001. — V. 382. — P. 727−733.
- Becker, G.E. Chitobiase of Serratia marcescens / G.E.Becker // Abstr. Annu. Meet. American Soc. Microbiol. Washington, 1980. — P. 148.
- Benson, A. K. Regulation of aB levels and activity in Bacillus subtilis /
- A. K. Benson, W. G. Haldenwang // J. Bacteriol. 1993. — V. 175. — P. 2347−2356.
- Bielka, H. Enzyme nomenclature / H. Bielka, H. Dixon, P. Karlson, C. Liebecq, N. Sharon. NY.: Acad. Press, 1984. — 647 p.
- Birkey, S. M. PHO signal transduction network reveals direct transcriptional regulation of one two-component system by another two-component regulator:
- B.subtilis PhoP directly regulates production of ResD / S. M. Birkey, W. Liu, X. Zhang et al. // Mol. Microbiol. 1998. — V. 30. — P. 943−953.
- Birnboim, H. C. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA / H. C. Birnboim, J. Doly // Nucleic Acids Res. 1979. — V. 7.-P. 1513−1523.
- Bohannon, D. E. Positive regulation of glutamate biosynthesis in Bacillus subtilis / D. E. Bohannon, A. L. Sonenshein // J. Bacteriol. 1989. — V. 171. — P. 47 184 727.
- Bohannon, D. E. Stationary-phase-inducible «gearbox» promoters: differential effects of katF mutations and role of sigma 70 / D. E. Bohannon, N. Connell, A. Tormo et al. // J. Bacteriol. 1991. — V. 173. — P. 4482−4492.
- Bohringer, J. UDP-glucose is a potential intracellular signal molecule in theecontrol of expression of c -dependent genes in Escherichia coli II J. Bohringer, D. Fischer, G. Mosler et al. // J. Bacteriol. 1995. — V. 177. — P. 413−422.
- Bookstein, C. The Bacillus subtilis 168 alkaline phosphatase III gene: The impact of a phoAIII mutation on total alkaline phosphatase synthesis / C. Bookstein, C. W. Edwards, N. V. Kapp, F. M. Hulett // J. Bacteriol. 1990. — V. 172. — P. 37 303 737.
- Boot, R. Cloning of a cDNA encoding chitotriosidase, a human chitinase produced by macrophages / R. Boot, G. Renkema, A. Strijland, A. van Zonneveld, J. Ayers // J. Biol. Chem. 1995. — V. 270. — P. 26 252−26 256.
- Borchert, T. V. Effect of signal sequence alterations on the export of levansucrase in Bacillus subtilis / T. V. Borchert, V. Nagarajan // J. Bacteriol. -1991. -V. 173.-P. 276−282.
- Botsford, J. L. Cyclic nucleotides in procaryotes / J. L. Botsford // Microbiol. Rev.-1981.-V. 45.-P. 620−642.
- Boylan, S. A. Transcription factor aB of Bacillus subtilis controls a large stationary-phase regulon / S. A. Boylan, A. R. Redfield, C. W. Price // J. Bacteriol. -1993.-V. 175.-P. 3957−3963.
- Bridges, B. A. Hypermutation in bacteria and other cellular systems / B. A. Bridges // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2001. — V. 356. — P. 29−39.
- Brown, A. D. Microbial water stress / A. D. Brown // Bacteriol. Rev. 1976. -V. 40.-P. 803−846.
- Bruckner, R. Carbon catabolite repression in bacteria: choice of the carbon source and autoregulatory limitation of sugar utilization / R. Bruckner, F. Titgemeyer // FEMS Microbiol. Lett. 2002. — V. 209. — P. 141−148.
- Brurberg, M. B. Characterization of a chitinase gene (chiA) from Serratia marcescens BJL200 and one-step purification of the gene product / M. B. Brurberg, V. H. Eijsink, I. F. Nes // FEMS Microbiol. Lett. 1994. — V. 124. -P. 399−404.
- Brurberg, M. B. Chitinase B from Serratia marcescens BJL200 is exported to the periplasm without processing / M. B. Brurberg, V. G. H. Eijsink, A. J. Haandrikman et al. //Microbiology.- 1995.-V. 141.-P. 123−131.
- Brurberg, M. B. Comparative studies of chitinases A and B from Serratia marcescens / M. B. Brurberg, I. F. Nes, V. G. H. Eijsink // Microbiology. 1996. — V. 142.-P. 1581−1589.
- Brzoska, P. The Pho regulon dependent Ugp uptake system for glycerol-3-phosphate in Escherichia coli is trans inhibited by Pi / P. Brzoska, M. Rimmele, K. Brzostek, W. Boos // J. Bacteriol. 1994. — V.176. — P. 15−20.
- Brunner, M. Promoter recognition and promoter strength in the Escherichia coli system / M. Brunner, H. Bujard // The EMBO J. 1987. — V. 6, N. 10. — P. 31 393 145.
- Burgess, R.R. Factor stimulating transcription by RNA polymerase / R. R Burgess, A. A. Travers, J. J. Dunn, E. K. F. Baitz // Nature. 1969. — V. 221, N. 5175.-P. 43−46.
- Burr, T. DNA sequence elements located immediately upstream of the -10 hexamer in Escherichia coli promoters: a systematic study / T. Burr, J. Mitchell, A. Kolb //Nucleic Acids Res. -2000. V. 28. — P. 1864−1870.
- Burt, W.R. Production of extracellular ribonuclease by yeasts and yeastlike fungi, and its repression by orthophosphate in species of Cryptococcus and Tremella / W. R. Burt, J.R.Cazin // J. Bacteriol. 1976. — V. 125. — P. 955−960.
- Bycroft, M. Determination of the three-dimensional solution structure of barnase using nuclear magnetic resonance spectroscopy / M. Bycrofit, S. Ludvigsen, A. R. Fersht, F. M. Poulsen // Biochemistry. 1991. — V. 30. — P. 8697−8701.
- Cairns, J. The origin of mutants / J. Cairns, J. Overbough, S. Miller // Nature. 1988.-V. 335.-P. 142−145.
- Calik, P. Regulatory effects of alanine-group amino acids on serine alkaline protease production by recombinant Bacillus licheniformis I P. Calik, A. Bayram, T. H. Ozdamar // Biotechnol. Appl. Biochem. 2003. — V. 37. — P. 165−171.
- Casadaban, M.J. Lactose genes fused to exogenous promoters in one step using a Mu-lac bacteriophage: in vivo probe for transcriptional control sequences / M. J. Casadaban, S. N. Cohen // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. — V. 76. — P. 45 034 533.
- Chamberlin, M. J. The selectivity of transcription / M. J. Chamberlin // Rev. Biochem. 1974. — V. 43. — P. 721−775.
- Chan, F. Y. PstB protein of the phosphate-specific transport system of Escherichia coli is an ATPase / F.Y.Chan, A. Torriani // J. Bacteriol. 1996. -V.178.-P. 3974−3977.
- Chatfield, S.N. Role of o/w?i?-dependent genes in Salmonella typhimurium virulence: mutants deficient in both ompC and ompF are attenuated in vivo / S. N. Chatfield, C. J. Dorman, C. Hayward, G. Dougan // Infect. Immun. 1991. — V. 59.-P. 449−452.
- Cheo, D.L. Elucidation of regulatory elements that control damage induction and competence induction of the Bacillus subtilis SOS system / D. L. Cheo, K. W. Bayles, R. E. Yasbin//J. Bacteriol. 1993. -V. 175. — P. 5907−5915.
- Chesbro, W.R. Characteristics of secretion of penicillinase, alkaline phosphatase and nuclease by Bacillus species / W. R. Chesbro, J. O. Lampen // J. Bacteriol. 1968. — V. 96. — P. 428−437.
- Christensen, A. B. Quorum-sensing-directed protein expression in Serratia proteamaculans B5a / A. B. Christensen, K. Riedel, L. Eberl et al. // Microbiology. -2003.-V. 149.-P. 471−483.
- Coleman, G. A model for the regulation of bacterial extracellular enzyme and toxin biosynthesis / G. Coleman, S. Brown, D. A. Stormonth // J. Theor. Biol. 1975. -V. 52, N. l.-P. 143−148.
- Coleman, J. E. Structure and mechanism of alkaline phosphatase / J. E. Coleman //Ann. Rev. Biophys. Chem. 1992. — V. 21. — P. 441−483.
- Collins, С. M. Identification of a nitrogen-regulated promoter controlling expression of Klebsiella pneumoniae urease genes / С. M. Collins, D. M. Gutman, H. Laman // Mol. Microbiol. 1993. — V. 8, N 1. — P. 187−198.
- Coutinho, P. M. Carbohydrate active enzymes server at URL Электронный ресурс. / P. M. Coutinho, B. Henrissat. Режим доступа: http://afmb.cnrs-mrs.fr/~pedro/CAZY/db.html.
- Cowing, D. Consensus sequence for E. coli heat shock promoters / D. Cowing, J. Bardwell, E. Craig, C. Woolford et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. — V. 82. — P. 2679−2683.
- Cox, M. M. Recombinational DNA repair in bacteria and the RecA protein / M. M. Cox // Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1999. — V. 63. — P. 311−366.
- Crater, D. L. Two regions of GerE required for promoter activation in Bacillus subtilis / D. L. Crater, C. P. Moran // J. Bacteriol. 2002. — V. 184. — P. 241−249.
- Cruz, R. Fermentative metabolism of Bacillus subtilis: physiology and regulation of gene expression / R. Cruz, T. Hoffmann, M. Marino, H. Nedjari et al. // J. Bacteriol. 2000. — V. 182. — P. 3072−3080.
- Csonka, L. N. Physiological and genetic responses of bacteria to osmotic stress / L. N. Csonka // Microbiol. Rev. 1989. — V. 53. — P. 121 -147.
- Dahn, J. L. Protein phosphorylation affects binding of the Escherichia coli transcription activator UhpA to the uhpT promoter / J. L. Dahn, B. Y. Wei, R. J. Kadner // J. Biol. Chem. 1997. — V. 272. — P. 1910−1919.
- Dale, J .W. Molecular genetics of bacteria / J. W. Dale. 3rd edn., John Wiley and Sons, 1998.-310 p.
- Dartois, V. Characterization of a novel member of the DegS-DegU regulon affected by salt stress in Bacillus subtilis / V. Dartois, M. Debarbouille, F. Kunst, G. Rapoport // J. Bacteriol. 1998. — V. 180.-P. 1855−1861.
- Debarbouille, M. The sacT gene regulating the sacPA operon in Bacillus subtilis shares strong homology with transcriptional antiterminators / M. Debarbouille, M. Arnaud, A. Fouet, G. Rapoport // J. Bacteriol. 1990. — V. 172. — P. 396−3973.
- Demidyuk, I. V. Modification of substrate-binding site of glutamyl endopeptidase from Bacillus intermedius / I. V. Demidyuk, D. V. Romanova, E. A. Nosovskaya et al. // Prot. Eng. Des. Sel. 2004. — V. 17. — P. 411−416.
- Deuerling, E. The ftsH gene of Bacillus subtilis is transiently induced after osmotic and temperature upshift / E. Deuerling, B. Paeslack, W. Schumann // J. Bacteriol. 1995. — V. 177. — P. 4105−4112.
- Deutscher, M. P. Exoribonucleases and their multiple roles in RNA metabolism / M. P. Deutscher // Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 2001. — V. 66. -P. 67−105.
- Ditty, J. L. A cyanobacterial circadian timing mechanism / J. L. Ditty, S. B. Williams, S. S. Golden // Annu. Rev. Genet. 2003. — V. 37. — P. 513−543.
- Drapeau, G. R. Purification and properties of an extracellular protease of Staphylococcus aureus / G. R. Drapeau, Y. Boily, J. J. Houmard // J. Biol. Chem. -1972. -V. 247.-P. 6720−6726.
- Drapeau, G. R. The primary structure of staphylococcal protease / G. R. Drapeau // Can. J. Biochem. 1978. — V. 56. — P. 534−544.
- Dri, A.-M. Control of the LexA regulon by pH: evidence for a reversible inactivation of the LexA repressor during the growth cycle of Escherichia coli / A.M. Dri, P. L. Morerau // Mol. Microbiol. 1994. — V. 12. — P. 621−629.
- Dubnau, D. Genetic exchange and homologous recombination / D. Dubnau // Bacillus subtilis and other gram-positive bacteria: biochemistry, physiology and molecular genetics / A. Sonenshein, J. A. Hoch, R. Losick. Washington, DC, 1993. -P.555−584.
- Dufour, A. Interactions between a Bacillus subtilis anti-sigma factor (RsbW) and its antagonist (RsbV) / A. Dufour, W. G. Haldenwang // J. Bacteriol. 1994. — V. 176.-P. 1813−1820.
- Eder, S. A Bacillus subtilis secreted phosphodiesterase/alkaline phosphatase is the product of a Pho regulon gene, phoD / S. Eder, L. Shi, K. Jensen, K. Yamane et al. // Microbiology (UK). 1996. — V. 142. — P. 2041−2047.
- Eder, S. Mutational analysis of the phoD promoter in Bacillus subtilis: implications for PhoP binding and promoter activation of Pho regulon promoters / S. Eder, W. Liu, F. M. Hulett // J. Bacteriol. 1999. — V. 181. — P. 2017−2025.
- Eguchi, Y. A novel mechanism for connecting bacterial two-component signal-transduction systems / Y. Eguchi, R. Utsumi // Trends Biochem. Sci. 2005. -V. 30. — P. 70−72.
- Ellison, D. W. The unphosphorylated receiver domain of PhoB silences the activity of its output domain / D. W. Ellison, W. R. McCleary // J. Bacteriol. 2000. -V. 182.-P. 6592−6597.
- Engelmann, S. Impaired oxidative stress resistance of Bacillus subtilis sigB mutants and the role of katA and JcatE / S. Engelmann, M. Hecker // FEMS Microbiol. Lett. 1996. — V. 145. — P. 63−69.
- Epstein, W. Osmoregulation by potassium transport in Escherichia coli / W. Epstein // FEMS Microbiol. Rev. 1986. — V. 39. — P. 73−78.
- Errington, J. Bacillus subtilis sporulation: regulation of gene expression and control of morphogenesis / J. Errington // Microbiol. Rev. 1993. — V. 57. — P. 1−33.
- Espinosa, M. Transfer and expression of recombinant plasmids carrying pneumococcal mal genes in Bacillus subtilis / M. Espinosa, P. Lopez, S. A. Lacks // Gene.- 1984.-V.28.-P. 301−310.
- Espinosa-Urgel, M. A consensus structure for os-dependent promoters / M. Espinosa-Urgel, C. Chamizo, A. Torino // Mol. Microbiol. 1996. — V. 21. -P. 657−659.
- Eymann, C. B. subtilis functional genomics: global characterization of the stringent response by proteome and transcriptome analysis / C. Eymann, G. Homuth, C. Scharf, M. Hecker // J. Bacteriol. 2002. — V. 184. — P. 2500−2520.
- Fabret, C. Two-component signal transduction in Bacillus subtilis: how one organism sees its world / C. Fabret, V. A. Feher, J. A. Hoch // J. Bacteriol. 1999. -V. 181.-P. 1975−1983.
- Falcao, J. P. Cell-to-cell signaling in intestinal pathogens / J. P. Falcao, F. Sharp, V. Sperandio // Curr. Issues Intest. Microbiol. 2004. — V. 5. — P. 9−17.
- Farewell, A. Role of the Escherichia coli FadR regulator in stress survival and growth phase-dependent expression of the uspA, fad and fab genes / A. Farewell, A. A. Diez, C. C. DiRusso, T. Nystrom // J. Bacteriol. 1996. — V. 178. — P. 64 436 450.
- Farewell, A. Negative regulation by RpoS: a case of a sigma factor competition / A. Farewell, K. Kvint, T. Nystrom // Mol. Microbiol. 1998. — V. 29. -P. 1039−1051.
- Fassler, J.S. Promoters and basal transcription machinery in eubacteria and eukaryotes: concepts, definitions, and analogies / J. S. Fassler, G. N. Gussin // Methods Enzymol. 1996. — V. 273. — P. 3−29.
- Fedhila, S. Distinct clpP genes control specific adaptive responses in Bacillus thuringiensis / S. Fedhila, T. Msadek, P. Nel, D. Lereclus // J. Bacteriol. 2002. — V. 184.-P. 5554−5562.
- Fernandez, S. Bacillus subtilis homologous recombination: genes and products / S. Fernandez, S. Ayora, J. Alonso // Res. Microbiol. 2000. — V. 151. — P. 481−486.
- Folders, J. Characterization of Pseudomnas aeruginosa chitinase, a gradually secreted protein / J. Folders, J. Algra, M. S. Roelofs, L. C. van Loon et al. // J. Bacteriol. 2001. — V. 183. — P. 7044−7052.
- Foster, P. L. Adaptive mutation: implication for evolution / P. L. Foster // BioEssays. 2000. — V. 22. — P. 1067−1074.
- Foster, P. L. Stress responses and genetic variation in bacteria / P. L. Foster // Mut. Res. 2005. — V. 569. — P. 3−11.
- Frandberg, E. Chitinolytic properties of Bacillus pabuli K1 / E. Frandberg, J. Schnurer // J. Appl. Bacteriol. 1994. — V. 76. — P. 361−367.
- Fuchs, R. L. Cloning of a Serratia marcescens gene encoding chitinase / R. L. Fuchs, S. A. McPherson, D. Drahos//Appl. Environ. Microbiol.- 1986.- V. 51. -P. 504−509.
- Fukamizo, T. Mechanism of chitin hydrolysis by binary chitinase system in insect moulting fluid / T. Fukamizo, K. Kramer // Insect. Biochem. 1985. — V. 15. -P. 141−145.
- Fukamizo, T. Specificity of chitosanase from Bacillus pumilus / T. Fukamizo, T. Ohkawa, Y. Ikeda, S. Gooto // Biochem. Biophys. Acta. 1994. — V. 1205. — P. 183−188.
- Fuqua, W. C. Quorum sensing in bacteria: the LuxR-LuxI family of cell density-responsive transcriptional regulators I W. C. Fuqua, S. C. Winans, E. P. Greenberg // J. Bacteriol. 1994. — V. 176. — P. 269−275.
- Gabdrakhmanova, L. A. Biosynthesis and localization of glutamyl endopeptidase from Bacillus intermedius 3−19 / L. A. Gabdrakhmanova, E. V. Shakirov, N. P. Balaban, M. R. Sharipova et al. // Microbios. 1999. — V. 100. -P. 97−108.
- Gal, S. W. Isolation and characterization of the 54-kDa and 22-kDa chitinase genes of Serratia marcescens KCTC 2172 / S. W. Gal, J. Y. Choi, C. Y. Kim et al. // FEMS Microbiol. Lett. 1997.-V. 151.-P. 197−204.
- Gal, S. W. Cloning of the 52 kDa chitinase gene from Serratia marcescens KCTC 2172 and its proteolytic cleavage into an active 35 kDa enzyme / S. W. Gal, J.Y.Choi, C.Y.Kim et al. //FEMS Microbiol. Lett. 1998. — V. 160. — P. 151−158.
- Galas, D. J. Rigorous pattern recognition methods for DNA sequences / D. J. Galas, M. Eggert, M. S. Waterman // J. Mol. Biol. 1985. — V. 186. — P. 117−128.
- Galinski, E. A. Osmoadaptation in bacteria / E. A. Galinski // Adv. Microbiol. Physiol. 1995. — V. 37. — P. 273−328.
- Galperin, M. Y. Bacterial signal transduction network in a genomic perspective / M. Y. Galperin // Environ. Microbiol. 2004. — V. 6. — P. 552−567.
- Garcia-Lara, J. An extracellular factor regulates expression of sdiA, a transcriptional activator of cell division genes in Escherichia coli / J. Garcia-Lara, L. H. Shang, L. I. Rothfield // J. Bacteriol. 1996. — V. 178. — P. 2742−2748.
- Gaur, N. K. Characterization of a cloned Bacillus subtilis gene that inhibits sporulation in multiple copies /N. K. Gaur, E. Dubnau, I. Smith// J. Bacteriol. 1986. -V. 169.-P. 860−969.
- Gentry, D. P. Synthesis of the stationary-phase sigma factor a is positively regulated by ppGpp / D. P. Gentry, V. J. Hernamdez, L. H. Nguyen, D. B. Jensen et al. // J. Bacteriol. 1993. — V. 175. — P. 7982−7989.
- Georgiou, G. Optimizing the production of recombinant proteins in microorganisms / G. Georgiou // AICHE J. 1988. — V. 34. — P. 1233−1248.
- Giesecke, U. E. Production of alkaline protease with Bacillus licheniformis in a controlled fed-batch process / U. E. Giesecke, G. Bierbaum, H. Rudde, U. Spohn et al. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 1991. — V. 35. — P. 720−724.
- Glenn, A. R. Alkaline phosphatase mutants of Bacillus subtilis / A. R. Glenn // Aust. J. Biol. Sci. 1975. — V. 28. — P. 323−330.
- Gniazdowski, M. Transcription factors as targets for DNA-interacting drugs / M. Gniazdowski, W. A. Denny, S. M. Nelson, M. Czyz // Curr. Med. Chem. 2003. -V. 10.-P. 909−924.
- Gokul, B. Characterization and applications of chitinase from Trichoderma harzianum / B. Gokul, J. H. Lee, K. B. Song, S. K. Rhee et al. // Bioproc. Eng. 2000. -V. 23.-P. 691−694.
- Gooday, G. Chitin in nature and technology / G. Gooday.- NY.: Plenum Press, 1986.-P. 241−261.
- Graumann, P. L. Cold shock response in Bacillus subtilis / P. L. Graumann, M. A. Marahiel // J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 1999. — V. 1. — P. 203−209.
- Grossman, A. D. Genetic networks controlling the initiation of sporulation and the development of genetic competence in Bacillus subtilis / A. D. Grossman // Annu. Rev. Genet. 1995. — V. 29. — P. 477−508.
- Guzman, P. Characterization of the promoter region of the Bacillus subtilis spoIIE operon / P. Guzman, J. Westpheling, P. Youngman // J. Bacteriol. 1988. — V. 170.-P. 1598−1609.
- Hahn, J. Growth stage signal transduction and the requirements for srfA induction in development of competence / J. Hahn, D. Dubnau // J. Bacteriol. 1991. -V. 173.-P. 7275−7282.
- Haldenwang, W. G. A modified RNA polymerase transcribes a cloned gene under sporulation control in Bacillus subtilis / W. G. Haldenwang, R. Losick // Nature. 1979.-V. 282.-P. 256−260.
- Haldenwang, W. G. The sigma factors of Bacillus subtilis / W. G. Haldenwang // Microbiol. Rev. 1995. — V. 59. — P. 1−30.
- Hamoen, L. W. Controlling competence in Bacillus subtilis: shared use of regulators / L. W. Hamoen, G. Venema, O. Kuipers // Microbiology. 2003. — V. 149. -P. 9−17.
- Han, J. S. PhoB-dependent transcriptional activation of the iciA gene during starvation for phosphate in E. coli / J. S. Han, J. V. Park, Y. S. Lee, B. Thony et al. // Mol. Gen. Genet. 1999. — V. 262. — P. 448−452.
- Hanson, R. S. Biochemistry of sporulation. Metabolism of acetate by vegetative and sporulating cells / R. S. Hanson, V. R. Srinivasan, H. 0. Harolson // J. Bacteriol. 1983. — V. 85. — P. 451−460.
- Harley, B. Analysis of Escherichia coli promoter sequences / B. Harley, R. P. Reinolds //Nucleic Acids Res. 1987. — V. 15, N. 5. — P. 2343−2361.
- Harpster, M. H. Nucleotide sequence of the chitinase B gene of Serratia marcescens QMB1466 / M. H. Harpster, P. Dunsmuir // Nucleic Acids Res. 1989. -V. 17.-P. 5395.
- Harris, R. S. Mismatch repair is diminished during stationary-phase mutation / R. S. Harris, G. Feng, K. J. Ross, R. Sidhu et al. // Mutat. Res. 1999. — V. 437. — P. 51−60.
- Hartley, B. S. Proteolytic enzymes / B. S. Hartley // Annu. Rev. Biochem. -1960.-V. 29.-P. 45−72.
- Hartley, R. W. A reversible thermal transition of the extracellular ribonuclease of Bacillus amyloliquefaciens / R. W. Hartley // Biochemistry. 1968. — V. 7. — P. 2401−2408.
- Hartley, R. W. Barnase and barstar. Expression of its cloned inhibitor permits expression of a cloned ribonuclease / R. W. Hartley // J. Mol. Biol. 1988. — V. 202. -P. 913−915.
- Hartley, R.W. Barnase and barstar / R.W.Hartley // Ribonucleases: structures and functions. Academic Press, 1997. — P. 51−100.
- Hartley, R. W. On the reaction between the extracellular ribonuclease of Bacillus amyloliquefaciens (barnase) and its intracellular inhibitor (barstar) / R. W. Hartley, J. R. Smeaton // J. Biol. Chem. 1973. — V. 248. — P. 5624−5626.
- Hasunuma, K. Control of the activity of intracellular nucleases in Neurospora crassa / K. Hasunuma // Mol. Gen. Genet. 1978. — V. 160. — P. 259−265.
- Hata, M. Involvement of stringent factor RelA in expression of the alkaline protease gene aprE in Bacillus subtilis / M. Hata, M. Ogura, T. Tanaka // J. Bacteriol. -2001.-V. 183.-P. 4648−4651.
- Hawley, D. K. Compilation and analysis of Escherichia coli promoter RNA sequences / D. K. Hawley, W. R. Mc Clure // Nucleic Acids Res. 1983. — V. 11, N. 8. — P. 2237−2255.
- Hecker, M. Non-specific, general and multiple stress resistance of growth-restricted Bacillus subtilis cells by the expression of the sigma B regulon / M. Hecker, U. Volker // Mol. Microbiol. -1998. V. 29. — P. 1129−1136.
- Hecker, M. General stress response of Bacillus subtilis and other bacteria / M. Hecker, U. Volker I I Adv. Microb. Physiol. 2001. — V. 44. — P. 35−91.
- Helmann, J. D. Structure and function of bacterial sigma factors / J. D. Helmann, M. J. Chamberlin // Annu. Rev. Biochem. 1988. — V. 57. — P. 839−872.
- Helmann, J. D. Homologous metalloregulatory proteins from both Grampositive and Gram-negative bacteria control transcription of mercury resistance operons / J. D. Helmann, Y. Wang, I. Mahler, C. T. Walsh // J. Bacteriol. 1989. -V. 171.-P. 222−229.
- Helmann, J. D. Compilation and analysis of Bacillus subtilis aA-dependent promoter sequences: evidence for extended contact between RNA polymerase and upstream promoter DNA / J. D. Helmann // Nucleic Acids Res. 1995. — V.23. -P.2351−2360.
- Henner, D. J. Location of the targets of the hpr-97, sacU32 (Hy), and sacQ36 (Hy) mutations in upstream regions of the subtilisin promoter / D. J. Henner, E. Ferrari, M. Perego, J. A. Hoch // J. Bacteriol. 1988. — V. 170. — P. 296−300.
- Henrich, B. The promoter region of the Escherichia coli pepD gene: deletion analysis and control by phosphate concentration / B. Henrich, H. Backes, J. R. Klein, R. Plapp //Mol. Gen. Genet. 1992. — V. 232, N. 1. — P. 117−125.
- Hesslewood, S. R. Envelope alterations produced by R factors in Proteus mirabilis / S. R. Hesslewood, J. T. Smith I I J.Gen. Microbiol. 1974. — V. 85. — P. 146 152.
- Hill, T. M, Sfi-independent filamentation in Escherichia coli is lexA-dependent and requires DNA damage for induction / T. M. Hill, B. Shaima, M. Valjiavecgratian, J. Smith // J. Bacteriol. 1997. — V. 179. — P. 1931−1939.
- Hippel, P. H. Protein-nucleic acid interactions in transcription: a molecular analysis / P. H. Hippel, D. J. von Bear, W. D. Morgan, J. A. McSwiggen // Annu. Rev. Biochem. 1984. — V. 53. — P. 389−446.
- Hiraga, K. Isolation and characterization of chitinase from flake-chitin degrading marine bacterium, Aeromonas hydrophila H-2330 / K. Hiraga, L. Shou, M. Kitazawa, S. Takahashi et al. // Biosci. Biotechnol. Biochem. 1997. — V. 61. — P. 174−176.
- Hirano, G. Two-dimentional polyacrylamide gel electrophoresis of proteins synthesized during early germination of Bacillus subtilis 168 in the presence of actinomycin D / G. Hirano, M. Matsudo, T. Kameyama // Basic. Microbiol. 1991. -V. 31.-P. 21−30.
- Hoch, J. A. Genetics of bacterial sporulation / J. A. Hoch // Adv. Genet. -1976.-V. 18.-P. 69−99.
- Hoffman, T. High-salinity-induced iron limitation in Bacillus subtilis / T. Hoffman, A. Schutz, M. Brosius, A. Volker et al. // J. Bacteriol. 2002. — V. 184. -P. 718−727.
- Hoiwe, W. Transgenic tobacco plants which express the chiA gene from Serratia marcescens have enhanced tolerance to Rhizoctonica solani / W. Hoiwe, L. Joe, E. Newbigin et al. // Transgenic Res. 1994. — V. 3. — P. 90−98.
- Holtmann, G. KtrAB and KtrCD: two K+ uptake systems in Bacillus subtilis and their role in the adaptation to hypertonicity / G. Holtmann, E. P. Bakker, N. Uozumi, E. Bremer // J. Bacteriol. 2003. — V. 185. — P. 1289−1298.
- Houman, F. Transcriptional antitermination in the bgl operon of Escherichia coli is modulated by a specific RNA binding protein / F. Houman, M. R. Diaz-Torres, A. Wright//Cell. 1990.-V. 62.-P. 1153−1163.
- Houmard, J.J. Staphylococcal protease: a proteolytic enzyme specific for glutamyl bonds / J. J. Houmard, G. R. Drapeau // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1972. -V. 69.-P. 3506−3509.
- Hsu, A. W. Differential effects of the protein cofactor on the interactions between a RNase P ribozyme and its target mRNA substrate / A. W. Hsu, A. F. Kilani, K. Liou et al. // Nucleic Acids Res. 2000. — V. 28. — P. 3105−3116.
- Huisman, G. W. Sensing starvation: a homoserine lactone-dependent signaling pathway in Escherichia coli / G. W. Huisman, R. Kolter // Science. 1994. — V. 265. -P. 537−539.
- Hulett, F. M. Evidence for two structural genes for alkaline phosphatase in Bacillus subtilis / F.M.Hulett, C. Bookstein, K. Jensen // J. Bacteriol. 1990. — V. 172.-P. 735−740.
- Hulett, F. M. Bacillus subtilis alkaline phosphatases III and IV / F. M. Hulett, E. E. Kim, C. Bookstein et al. // J. Biol. Chem. -1991. V. 266, N. 2. — P. 1077−1084.
- International Union of Biochemistry. Enzyme Nomenclature. Academic Press, Inc., Orlando, 1992.324.1shihama, A. Adaptation of gene expression in stationary phase bacteria / A. Ishihama // Curr. Opin. Genet. Develop. 1997. — V. 7. — P. 582−588.
- Jacob, F. Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins /
- F. Jacob, J. Monod//J. Mol. Biol. -1961. V. 3. — P. 318−356.326Janion, C. Some aspects of the SOS response system a critical survey /
- C. Janion // Acta Biochim. Pol. 2001. — V. 48. — P. 599−610.
- Jensen, K. K. Bacillus subtilis transcription regulator, SpoOA, decreases alkaline phosphatase levels induced by phosphate starvation / K. K. Jensen, E. Sharkova, M.F.Duggan, Y. Qi et al. // J. Bacteriol. 1993. — V. 175, N 12. -P. 3749−3756.
- Jones, D. H. A rapid method for site-specific mutagenesis and directional subcloning by using the polymerase chain reaction to generate recombinant circles /
- D. H. Jones, B. H. Howard // BioTechniques. 1990. — V. 8. — P. 178−183.
- Jones, J. D. G. Isolation and characterization of genes encoding two chitinase enzymes from Serratia marcescens / J. D. G. Jones, K. L. Grady, T. V. Suslow, J. R. Bedbrook // EMBO J. 1986. — V. 5. — P. 467−473.
- Jurien, F. Effect of different limitations in chemostat cultures on growth and production of exocellular protease by Bacillus licheniformis / F. Jurien,
- G. M Koningstein., H. W. van Verseveld, A. H. Stouthammer // Appl. Microbiol. Biotechnol. -1986. V. 24. — P. 106−112.
- Kadowaki, K. Effects of actinomycin D and 5-fluorouracil on the foundation of enzymes in Bacillus subtilis / K. Kadowaki, J. Hosoda, B. Maruo // Biochim. Biophys. Acta. 1965.-V. 103. — P. 311−318.
- Kang, J. G. Identification of sigma factors for growth phase-related promoter selectivity of RNA polymerases from Streptomyces coelicolor A3 (2) / J. G. Kang, M. Y. Hahn, A. Ishihama, J. H. Roe // Nucleic Acids Res. 1997. — V. 25. — P. 25 662 573.
- Kapp, N. V. The Bacillus subtilis phoAIVgene: effects of in vitro inactivation on total alkaline phosphatase production / N. V. Kapp, C. W. Edwards, R. S. Chesnut, F. M. Hulett // Gene. 1990. — V. 96. — P. 95−100.
- Kasahara, M. Dual regulation of the ugp operon by phosphate and carbon starvation at two interspaced promoters / M. Kasahara, K. Makino, M. Amemura, A. Nakata, H. Shinagawa // J. Bacteriol. -1991. V. 173. — P. 549−558.
- Kaur, S. Enhanced production and characterization of a highly thermostable alkaline protease from Bacillus sp. P-2 / S. Kaur, R. M. Vohra, M. Kapoor et al. // World J. Microbiol. Biotechnol. 2001. — V. 17. — P. 125−129.
- Kenney, T. Gene coding aE is transcribed from a aA-like promoter in Bacillus subtilis / T. Kenney, P. Kirchman, C. Moran // J. Bacteriol. 1988. — V. 170. — P. 30 583 064.
- Khosravi, M. Variation of oxygen requirement with plasmid size in recombinant Escherichia coli / M. Khosravi, W. Ryan, D. A. Webster, B. C. Stark // Plasmid. 1990. — V. 23. — P. 138−143.
- Kilani, A. F. RNase P ribozymes selected in vitro to cleave a viral mRNA effectively inhibit its expression in cell culture / A. F. Kilani, P. Trang, S. Jo, A. Hsu, et al. // J. Biol. Chem. 2000. — V. 275. — P. 10 611−10 622.
- Kim, S. K. Molecular analysis of the phoH gene, belonging to the phosphate regulon in Escherichia coli / S. K. Kim, K. Makino, H. Shinagawa, A. Nakata // J. Bacteriol. 1993.-V. 175, N.5.-P. 1316−1324.
- Kimura, S. Regulation of the phosphate regulon of Escherichia coli: characterization of the promoter of the pstS gene / S. Kimura, K. Makino, H. Shinagawa et al. // Mol. Gen. Genet. 1989. — V. 215. — P. 374−380.
- Klier, A. Positive regulation in the gram-positive bacterium: Bacillus subtilis / A. Klier, T. Msadek, G. Rapoport // Annu. Rev. Microbiol. 1992. — V. 46. — P. 429 459.
- Knippl, J. S. Growth, phosphatase and ribonuclease activity in phosphate-deficient Spirogela oligorrhiza cultures / J. S. Knippl, E. Kabzinska // Biochem. Physiol. Pflanzen. 1977. — V. 171. — P. 279−287.
- Kofoid, E. C. Transmitter and receiver modules in bacterial signaling proteins / E. C. Kofoid, J. S. Parkinson // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. — V. 85. — P. 4981−4985.
- Koga, D. Insect endochitinases: glycoproteins from moulting fluid, integument and pupal haemolymph of Manduca sexta / D. Koga, J. Jilka, K. Kramer // Insect. Biochem. 1983. — V. 13. — P. 295−305.
- Kolter, R. The stationary phase of bacterial life cycle / R. Kolter, D. Siegele, A. Torno // Annu. Rev. Microbiol. 1993. — V. 47. — P. 855−874.
- Kong, L. Regulation of competence-specific gene expression by Mec-mediated protein-protein interaction in Bacillus subtilis / L. Kong, D. Dubnau // Proc. Natl.Acad.Sci.USA.- 1994.- V.91.-P.5793−5797.
- Krukonis, E. S. From motility to virulence: sensing and responding to environmental signals in Vibrio cholerae / E. S. Krukonis, V. J. DiRita // Curr. Opin. Microbiol. 2003. — V. 6. — P. 186−190.
- Kucerova, H. Intracellular serine proteinase behaves as a heat-stress protein in nongrowing but as a cold-stress protein in growing populations of Bacillus megaterium / H. Kucerova, J. Chaloupka // Curr. Microbiol. 1995. — V. 31. — P. 3943.
- Kunhi, A. A. M. Standartization of assay procedure and some other properties of ribonuclease from Aspergillus candidus / A. A. M. Kunhi, R. Singh // Folia microbiologica. 1981. — V. 26. — P. 228−233.
- Kunst, F. Signal transduction network controlling degradative enzyme synthesis and competence in Bacillus subtilis / F. Kunst, T. Msadek, G. Rapoport // Regulation of bacterial differentiation /Washington, DC, 1994.- P. 1−20.
- Kunst, F. Salt stress is an environmental signal affecting degradative enzyme synthesis in Bacillus subtilis / F. Kunst, G. Rapoport // J. Bacteriol. 1995. — V. 177. -P. 2403−2407.
- Kurinenko, B. M. Effect of ribonuclease from Bacillus intermedius on human blood lymphocytes / B. M. Kurinenko, R. S. Bulgakova, R. E. Davydov // FEMS Immunol. Med. Microbiol. 1998. — V. 21. — P. 117−122.
- Kuwana, R. Functional relationship between SpoVIF and GerE in gene regulation during sporulation of Bacillus subtilis / R. Kuwana, H. Ikejiri, S. Yamamura et al.//Microbiology.-2004.-V. 150.-P. 163−170.
- Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 / U. K. Laemmli // Nature (London). 1970. — V. 227. — P. 680−685.
- Lang, W. K. Influence of phosphate supply on teichoic acid and teichuronic acid content of Bacillus subtilis cell walls / W. K. Lang, K. Glassey, A. R. Archibald // J. Bacteriol. 1982. — V. 151. — P. 367−375.
- Lanyi, J. K. Salt-dependent properties of proteins from extremely halophilic bacteria / J. K. Lanyi // Bacteriol. Rev. 1974. — V.38. — P. 272−290.
- Lax, A. J. The Pasteurella multodica toxin interacts with signaling pathways to perturb cell growth and differentiation / A. J. Lax, G. D. Pullinger, M. R. Baldwin et al. // Int. J. Med. Microbiol. 2004. — V. 293. — P. 505−512.
- Lee, J.-W. Bacillus licheniformis APasel gene promoter: a strong wellregulated promoter in Bacillus subtilis / J.-W. Lee, C. W. Edwards, F. M. Hulett // J. Gen. Microbiol. -1991.-V. 137.-P. 1127−1133.
- Lee, J. Nucleotide sequence of the phoP gene encoding PhoP, the response regulator of the phosphate regulon of Bacillus subtilis / J. Lee, F. M. Hulett // Nucleic Acids Res. -1992. V. 19. — P. 5848.
- Le Grice, S. F. J. Separation and analysis of the RNA-polimerase binding sites of a complex Bacillus subtilis promoter / S. F. J. Le Grice, C. Shih, F. Whipple, A. L. Sonenshein // Mol. Gen. Genet. 1986. — V. 204. — P. 229−236.
- Lehtovaara, P. In vivo transcription initiation and termination sites of an a-amylase gene from Bacillus amyloliquefaciens cloned in Bacillus subtilis / P. Lehtovaara, I. Ultmanen, I. Palva // Gene. 1984. — V. 30. — P. 11−16.
- Leive, L. Studies on the permeability change produced in coliform bacteria by ethylendiamintetraacetate / L. Leive // J. Biol. Chem. 1968. — V. 243. — P.2373−2380.
- Lenski, R. E. Stability of recombinant DNA and its effects on fitness / R.E. Lenski, T. T. Nguyen // Trends Biotech. Ecol. Evol. 1988. — V. 6. — P. 51−53.
- Lerner, C. G. Stimuli that induce production of Candida albicans extracellular aspartyl proteinase / C. G. Lerner, R. C. Goldman // J. Gen. Microbiol. 1993. — V. 139.-P. 1643−1651.
- Leshchinskaya, I. B. Glutamyl endopeptidase of Bacillus intermedius, strain 319 /1. B. Leshchinskaya, E. V. Shakirov, E. L. Itskovitch, N. P. Balaban et al. // FEBS Lett. 1997. -V. 404. — P. 241−244.
- Lewin, B. Genes / B. Lewin. Oxford, NY: Oxford University Press, 1994. -1272 p.
- Lewis, L. K. Interaction of LexA repressor with the asymmetric dinG operator and complete nucleotide sequence of the gene / L. K. Lewis, D. W. Mount // J. Bacterid. 1992. — V. 174. — P. 5110−5116.
- Lewis, M. The lac repressor / M. Lewis // C. R. Biol. 2005. — V. 328. -P. 521−548.
- Li, M. Cellular stoichiometry of the components of the chemotaxis signaling complex / M. Li, G. L. Hazelbauer // J. Bacteriol. 2004. — V. 186. — P. 3687−3697.
- Lisser, S. Compilation of Escherichia coli mRNA promoter sequences / S. Lisser, H. Margalit //Nucleic Acids Res. 1993. — V. 21. — P. 1507−1516.
- Liu, W. Comparison of PhoP binding to the tuaA promoter with PhoP binding to other Pho regulon promoters establishes a Bacillus subtilis Pho core binding site / W. Liu, F. M. Hulett // Microbiology (UK). 1998. — V. 144. — P. 1443−1450.
- Lloyd, G. Activation and repression of transcription initiation in bacteria / G. Lloyd, P. Landini, S. Busby // Essays Biochem. 2001. — V. 37. — P. 17−31.
- Lombardo, M. J. General stress response regulator RpoS in adaptive mutation and amplification in Escherichia coli / M. J. Lombardo, I. Aponyi, S. M. Rosenberg // Genetics. 2004. — V. 166. — P. 669−680.
- Lonetto, M. The a70 family: sequence conservation and evolutionary relationships / M. Lonetto, M. Gribskov, C. A. Gross // J. Bacteriol. 1992. — V. 174. -P. 3843−3839.
- Lopez, C. S. Biochemical and biophysical studies of Bacillus subtilis envelopes under hyperosmotic stress / C. S. Lopez, H. Heras, H. Garda, S. Ruzal et al. // Int. J. Food Microbiol. 2000. — V. 55. — P. 137−142.
- Losick, R. Cascades of sigma factors / R. Losick, J. Pero // Cell. 1981. — V. 52. — P. 582−584.
- Lottering, E. A. Induction of cold shock proteins in Bacillus subtilis / E. A. Loitering, U. N. Streips // Curr. Microbiol. 1995. — V. 30. — P. 193−199.
- Lowry, 0. H. Protein measurement with Folin phenol reagent / O. H. Lowry, H. J. Rosebrough, A. A. Fass, R. J. Randall // J. Biol. Chem. 1951. — V. 193. — P. 265−270.
- Luecke, H. High specificity of a phosphate transport protein determined by hydrogen bonds / H. Luecke, F.A. Quiocho //Nature. 1990. — V. 347. — P. 402−406.
- Lux, R. Chemotaxis-guided movements in bacteria / R. Lux, W. Shi // Crit. Rev. Oral. Biol. Med. 2004. — V. 15. — P. 207−220.
- Macnab, R. M. Flagella and motility. In: Escherichia coli and Salmonela cellular and molecular biology / R. M. Macnab // American Society for Microbiology, Washington, DC, 1996.-P. 123−145.
- Mader, U. Bacillus subtilis functional genomics: genome-wide analysis of the DegS-DegU regulon by transcriptomics and proteomics / U. Mader, H. Antelmann, T. Buder, M. K. Dahl et al. // Mol. Genet. Genomics. 2002. — V. 268. — P. 455−467.
- Madern, D. Halophilic adaptation of enzymes / D. Madern, C. Ebel, G. Zaccai // Extremophiles. 2000. — V. 4. — P. 91−98.
- Makarov, A. A. Cytotoxic ribonucleases: molecular weapons and their targets / A. A. Makarov, O. N. Ilinskaya // FEBS Lett. 2003. — V. 540. — P. 15−20.
- Makino, K. Nucleotide sequence of the phoB gene, the positive regulatory gene for the phosphate regulon of E. coli K-12 / K. Makino, H. Shinagawa, M. Amemura, A. Nakata // J. Mol. Biol. 1986. — V. 190. — P. 37−44.
- Makino, K. Nucleotide sequence of the phoR gene, a regulatory gene for the phosphate regulon of Escherichia coli / K. Makino, H. Shinagawa, M. Amemura, A. Nakata// J. Mol. Biol. 1986. — V. 192. — P. 549−556.
- Makino, K. Signal transduction in the phosphate regulon of Escherichia coli involves phosphotransfer between PhoR and PhoB proteins / K. Makino, H. Shinagawa, M. Amemura et al. // J. Mol. Biol. 1989. — V. 210. — P. 551−559.
- Makino, K. Role of the sigma 70 subunit of RNA polymerase in transcriptional activation by activator protein PhoB in Escherichia coli / K. Makino, M. Amemura, S. K. Kim et al. // Genes Dev. 1993. — V. 7, N. 1. — P. 149−160.
- Maniatis, T. Molecular cloning: a laboratory manual / T. Maniatis, E. F. Fritsch, J. Sambrook. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press, 1982.-P. 250−251.
- Margispinheiro, M. Bean class IV chitinase gene: structure, developmental expression and induction by heat stress / M. Margispinheiro, J. Marivet, G. Burkand // Plant Sci. 1994. — V. 2. — P. 163−173.
- Martin, D.D. Osmoadaptation in archaea / D.D.Martin, R. A. Ciulla, M. F. Roberts // Appl. Environ. Microbiol. 1999. — V. 65. — P. 1815−1825.
- Masaki, T. Purification and some properties of Achromobacter protease la from Achromobacter lyticus M497−1 / T. Masaki, H. Suzuki, M. Soejima // Agrie. Biol. Chem. 1986. — V. 50, N. 12. — P. 3087−3091.
- Martinez-Antonio, A. Identifying global regulators in transcriptional regulatory networks in bacteria / A. Martinez-Antonio, J. Collado-Vides // Curr. Opin. Microbiol. 2003. — V. 6. — P. 482−489.
- Matsumiya, M. Distribution of chitinase and beta-N-acetylhexosaminidase in organs of several fishes / M. Matsumiya, A. Mochizuki // Fish. Sci. 1996. — V. 62. -P. 150−151.
- Mauguen, Y. Molecular structure of a new family of ribonucleases / Y. Mauguen, R. W. Hartley, E. J. Dodson, G. G. Dodson et al. // Nature. 1997. -V. 297.-P. 162−164.
- May, B. Mechanism of the paradoxical stimulation of ribonuclease synthesis in Bacillus subtilis by actinomycin D / B. May, R. Walsh, W. Elliot, I. Smeaton // Biochim. Biophys. Acta. 1968. — V. 169. — P. 260−262.
- Mc-Allister, C. F. Effect of polyadenine-containing curved DNA on promoter utilization in Bacillus subtilis / C. F. Mc-Allister, E. C. Achberger // J. Biol. Chem. -1988. V. 263, N. 24. — P. 11 743−11 749.
- McCleary, W. R. FrzE of Myxococcus xanthus is homologous to both CheA and CheY of Salmonella typhimurium / W. R. McCleary, D. R. Zusman // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. — V. 87. — P. 5898−5902.
- McCleary, W. R. Is acetyl phosphate a global signal in Escherichia colil / W. R. McCleary, J. B. Stock, A. J. Ninfa // J. Bacteriol. 1993. — V. 175. — P. 27 932 798.
- McClure, W. R. Mechanism and control of transcription initiation in prokaryotes / W. R. McClure // Annu. Rev. Biochem. 1985. — V.54. — P. 171−204.
- McKenzie, G.J. The SOS-response regulates adaptive mutation / G. J. McKenzie, R. S. Harris, P. L. Lee, S. M. Rosenberg // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000. — V. 97. — P. 6646−6651.
- McLaggan, D. Interdependence of K+ and glutamate accumulation during osmotic adaptation of Escherichia coli / D. McLaggan, J. Naprstek, E. T. Buurman, W. Epstein // J. Biol. Chem. 1994. — V. 269. — P. 1911 -1917.
- McNamara, B. P. Coexpression of the long and short forms of CheA, the chemotaxis histidine kinase, by members of the family Enterobacteriaceae / B. P. McNamara, A. J. Wolfe // J. Bacteriol. 1997. — V. 179. — P. 1813−1818.
- Mellado, R. P. Characterisation and sequence of in vivo phi29 promoters by SI mapping / R. P. Mellado, I. Barthelmy, M. Salas // Bacillus molecular genetics and biotechnology application. Academic Press, NY, 1986. — P. 395−409.
- Miki, T. The genetics of alkaline phosphatase formation in Bacillus subtilis / T. Miki, Z. Minami, Y. Ikeda// Genetics. 1965. — V. 52. — P. 1093−1100.
- Mizuno, T. Signal transduction and gene regulation through the phosphorylation of two regulatory components: the molecular basis for the osmotic regulation of the porin genes / T. Mizuno, S. Mizushima // Mol. Microbiol. 1990. -V.4.-P. 1077−1082.
- Monreal, J. The chitinase of Serratia marcescens / J. Monreal, E. Reese // Can. J. Microbiol. 1969. — V. 15. — P. 689−696.
- Mooney, R. A. Sigma and RNA polymerase: an on-again, off-again relationship? / R. A. Mooney, S. A. Darst, R. Landick // Mol. Cell. 2005. — V. 20. -P. 335−345.
- Moore, C. M. Metal ions homeostasis in Bacillus subtilis / C. M. Moore, J. D. Helmann // Curr. Opin. Microbiol. 2005. — V. 8. — P. 188−195.
- Moravcova, J. Repression of the synthesis of exocellular and intracellular proteinases in Bacillus megaterium / J. Moravcova, J. Chaloupka // Folia Microbiol. -1984.-V. 29.-P. 273−281.
- Msadek, T. DegS-DegU and ComP-ComA modulator-effector pairs control expression of the Bacillus subtilis pleiotropic regulatory gene degQ / T. Msadek, F. Kunst, A. Klier, G. Rapoport // J. Bacteriol. 1991. — V. 173. — P. 2366−2377.
- Mulvey, M. R. Nucleotide sequence of katF of Escherichia coli suggests KatF protein is a novel sigma transcription factor / M. R. Mulvey, P. C. Loewen // Nucleic Acids Res. 1989. — V. 17. — P. 9979−9991.
- Murakami, K. S. Structural basis of transcription initiation: an RNA polymerase holoenzyme-DNA complex / K. S. Murakami, S. Masuda, E. A. Campbell, O. Muzzin et al. // Science. 2002. -V. 296. — P. 1285−1290.
- Murakami, K. S. Bacterial RNA polymerases: the wholo story / K. S. Murakami, S. A. Darst // Curr. Opin. Struct. Biol. 2003. — V. 13, N. 1. — P. 3139.
- Nagami, Y. Molecular cloning and nucleotide sequence of a DNA fragment from Bacillus natio that enhances production of extracellular proteases and levansucrase in Bacillus subtilis / Y. Nagami, T. Tanaka // J. Bacteriol. 1986. — V. 166.-P. 20−28.
- Nagarajan, V. Modular expression and secretion vectors for Bacillus subtilis / V. Nagarajan, H. Albertson, M. Chen, J. Ribbe // Gene. 1992. — V. 114. — P. 121−126.
- Nakano, M. M. Mutational analysis of the regulatory region of the srfA operon in Bacillus subtilis / M. M. Nakano, P. Zuber // J. Bacteriol. 1993. — V. 175, N. 10.-P. 3188−3191.
- Nekolny, D. Protein catabolism in growing Bacillus megaterium during adaptation to salt stress / D. Nekolny, J. Chaloupka // FEMS Microbiol. Lett. 2000. -V. 184.-P. 173−177.
- Nene, V. Genetic studies on the P subunit of Escherichia coli RNA polymerase IV. Structure-functional correlations / V. Nene, R. Glass // Mol. Gen. Genet. 1984. — V. 194. — P. 172−196.
- Newmark, K. G. Genetic analysis of the requirements for SOS induction by nalidixic acid in Escherichia coli / K. G. Newmark, E. K. O’Reilly, J. R. Pohlhaus, K. N. Kreuzer // Gene. 2005. — V. 356. — P. 69−76.
- Niedziela-Majka, A. Escherichia coli RNA polymerase contacts outside the -10 promoter element are not essential for promoter melting / A. Niedziela-Majka, T. Heyduk // J. Biol. Chem. 2005. — V. 280. — P. 38 219−38 227.
- Nielsen, P. Multi-target and medium-independent fungal antagonism by hydrolytic enzymes in Paenibacillus polymyxa and Bacillus pumilus strains frombarley rhizosphere / P. Nielsen, J. Sorensen // FEMS Microbiol. Ecol. Lett. 1997. -V. 22.-P. 183−192.
- Nihashi, J. Catabolite repression of inositol dehydrogenase and gluconate kinase synthesis in Bacillus subtilis / J. Nihashi, Y. Fujita // Biochem. Biophys. Acta. -1984.-V. 798.-P. 88−95.
- Nishimura, S. Ribonuclease of Bacillus subtilis / S. Nishimura, M. Nomura // J. Biochem. (Tokyo). 1959. -V. 46. — P. 161−167.
- Nystrom, T. Cloning, mapping and nucleotide sequencing of a gene encoding a universal stress protein in Escherichia coli / T. Nystrom, F. C. Neidhardt // Mol. Microbiol. 1992. — V. 6. — P. 3187−3198.
- Paddon, C. J. Expression of Bacillus amyloliquefaciens extracellular ribonuclease (barnase) in Escherichia coli following an inactivating mutation / C. J. Paddon, R. W. Hartley // Gene. 1987. — V. 53. — P. 11−19.
- Paddon, C.J. Translation and processing of Bacillus amyloliquefaciens extracellular RNase / C. J. Paddon, N. Vasantha, R. W. Hartley // J. Bacteriol. 1989. -V. 171, N. 2.-P. 1185−1187.
- Parkinson, J. S. Protein phosphorylation in bacterial Chemotaxis / J. S. Parkinson // Cell. 1988. — V. 53. — P. 1−2.
- Peng, H. L. Cloning, characterization, and sequencing of an accessory gene regulator (agr) in Staphylococcus aureus / H. L. Peng, R. P. Novick, B. Kreiswirth, J. Kornblum et al. // J. Bacteriol. 1988. — V. 170. — P. 4365−4372.
- Perego, M. Functional genomics of gram-positive microorganisms / M. Perego, J. A. Hoch, J. F. Barret // J. Bacteriol. 2004. — V. 186. — P. 903−909.
- Perez-Martin, J. Promoters responsive to DNA bending: a common theme in prokaryotic gene expression / J. Perez-Martin, F. Rojo, V. DeLorenzo // Microbiol. Rev. 1994. — V. 58. — P. 268−290.
- Peter, M. G. Chitin and chitosan from animal sources / M. G. Peter // Biopolymers: Polysaccharides II. Weinheim: Wiley-VCH, 2002. — P. 499−512.
- Petersohn, A. Identification of oB-dependent genes in Bacillus subtilis using a promoter consensus-directed search and oligonucleotide hybridization / A. Petersohn, J. Bernhardt, U. Gerth et al. // J. Bacteriol. 1999. — V. 181. — P. 5718−5724.
- Petersohn, A. Global analysis of the general stress response of Bacillus subtilis / A. Petersohn, M. Brigulla, S. Haas, J. D. Hoheisel et al. // J. Bacteriol. 2001. — V. 183.-P. 5617−5631.
- Phillips, Z. E. B. subtilis sporulation and stationary phase gene expression / Z. E. Phillips, M. A. Strauch // Cell Mol. Life Sei. 2002. — V. 59. — P. 392−402.
- Pirt, S. J. Principles of microbe and cell cultivation / S. J. Pirt. Blackwell Scientific Publications, 1975.-P. 14−15.
- Plaskon, R. R. Sequence distribution assotiated with DNA curvature are found upstream of strong Escherichia coli promoters / R. R. Plaskon, R. M. Wartell // Nucleic Acids Res. 1987. — V. 15. — P. 785−790.
- Podile, A. R. Lysis and biological control of Aspergillus niger by Bacillus subtilis AFI / A. R. Podile, A.P.Prakash // Can. J. Microbiol. 1996. — V. 42. -P. 533−538.
- Ponnambalam, S. Transcription initiation at the Escherichia coli galactose operon promoters in the absence of the normal -35 region sequences /
- S. Ponnambalam, C. Webster, A. Bingham, S. Busby // J. Biol. Chem. 1986. — V. 261.-P. 16 043−16 048.
- Pragai, Z. Bacillus subtilis NhaC, an Na+/H+ antiporter, influences expression of the phoPR operon and production of alkaline phosphatases / Z. Pragai, C. Eschevins, S. Bron, C.R.Harwood // J. Bacterid. 2001. — V. 183. — P. 25 052 515.
- Pragai, Z. Regulatory interactions between the Pho and sigma (B)-dependent general stress regulons of Bacillus subtilis / Z. Pragai, C. R. Harwood // Microbiology. 2002. — V. 148.-P. 1593−1602.
- Pragai, Z. Transcriptional regulation of the phoPR operon in Bacillus subtilis / Z. Pragai, N. E. Allenby, N. O’Connor, S. Dubrac et al. // J. Bacteriol. 2004. — V. 186.-P. 1182−1190.
- Pribnow, D. Bacteriophage T7 early promoters: nucleotide sequences of two RNA polymerase binding sites / D. Pribnow // J. Mol. Biol. 1975. — V. 99. — P. 419 443.
- Prior, T. I. Studies on the activity of barnase toxins in vitro and in vivo / T. I. Prior, S. Kunwar, I. Pastan // Bioconjug. Chem. 1996. — V. 7. — P. 23−29.
- Ptashne, M. Gene regulation by proteins acting nearby and at a distance / M. Ptashne // Nature. 1986. — V. 322. — P. 697−701.
- Pugsley, A. The complete general secretory pathway in gram-negative bacteria / A. Pugsley // Microbiol. Rev. 1993. — V. 57. — P. 50−108.
- Qi, Y. The pst operon of Bacillus subtilis has a phosphate regulated promoter and is involved in phosphate transport but not in regulation of the Pho regulon / Y. Qi, Y. Kobayashi, F. M. Hulett // J. Bacteriol. 1997. — V. 179. — P. 2534−2539.
- Raninger, A. Accelerated process development for protease production in continious multi-stage cultures / A. Raninger, W. Steiner // Biotechnol. Bioeng. -2003.-V. 82.-P. 517−524.
- Rao, M. B. Molecular and biotechnological aspects of microbial proteases / M. B. Rao, A. M. Tanksale, M. S. Ghatge, V. V. Deshpande // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. — V. 62. — P. 597−635.
- Rao, N. N. Utilization by Escherichia coli of a high-molecular-weight, linear polyphosphate: Roles of phosphatases and pore proteins / N. N. Rao, A. Torriani // J. Bacteriol. 1988. — V. 170. — P. 5216−5223.
- Rawlings, N. D. MEROPS: the peptidase database / N. D. Rawlings,
- D.P.Tolle, A.J.Barrett // Nucleic Acids Res. 2004. — V. 32. — D. 160−164 (Database issue).
- Rebrikov, D. V. Bacillus intermedins glutamyl endopeptidase. Molecular cloning and nucleotide sequence of the structural gene / D. V. Rebrikov, T. V. Akimkina, A. B. Shevelev et al. // J. Protein Chem. 1999. — V. 18. — P. 21−27.
- Reitzer, L. Nitrogen assimilation and global regulation in Escherichia coli / L. Reitzer//Annu. Rev. Microbiol. -2003. V. 57. — P. 155−176.
- Robbins, P. W. Cloning and expression of a Streptomyces plicatus chitinase (chitinase 63) in Escherichia coli / P. W. Robbins, C. Albright, B. Benfield // J. Biol. Chem. 1988. — V. 263. — P. 443−447.
- Roberts, J. W. Phage lambda and the regulation of transcription termination / J. W. Roberts // Cell. 1988. — V. 52. -P. 5−6.
- Roberts, R. L. Serratia marcescens chitinase: one-step purification and use for the determination of chitin / R. L. Roberts, E. Cabib // Anal. Biochem. 1982. — V. 127.-P. 402−412.
- Roberts, R. L. Plant and bacterial chitinase differ in antifungal activity / R. L. Roberts, C. P. Selitrennikoff// J. Gen. Microbiol. 1988. — V. 134. — P. 169−176.
- Robichon, D. Expression of a new operon from Bacillus subtilis, ykzB-ykoL, under the control of the TnrA and PhoP-PhoR global regulators / D. Robichon, M. Arnaud, R. Gardanet al.//J.Bacteriol.-2000.- V. 182.-P. 1226−1231.
- Roitsch, T. Mutational analysis of the VirG protein, a transcriptional activator of Agrobacterium tumefaciens virulence genes / T. Roitsch, H. Wang, S. G. Jin,
- E. W. Nester // J. Bacteriol. 1990. — V. 172. — P. 6054−6060.
- Rosario, M. L. CheC and CheD interact to regulate methylation of Bacillus subtilis methyl-accepting chemotaxis proteins / M. L. Rosario, G. W. Ordal // Mol. Microbiol. 1996. — V. 21. — P. 511 -518.
- Rosas, S. B. Involevement of a plasmid in Escherichia coli envelope alterations / S. B. Rosas, A. Calzolary, J. L. La Torre, N. E. Ghittoni et al. // J. Bacteriol. 1983. — V. 155, N. 1. — P. 402−406.
- Rosenberg, S. Mutation for survival / S. Rosenberg // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997.-V. 7.-P. 829−834.
- Rouanet, C. Regulation of pelD and pelE, encoding major alkaline pectate lyases in Erwinia chrysanthemi: involvement of the main transcriptional factors / C. Rouanet, K. Nomura, S. Tsuyumu et al. // J. Bacteriol. 1999. — V. 181. — P. 59 485 957.
- Ruzal, S. B. subtilis DegU a positive regulator of the osmotic response / S. Ruzal, K. Sanches-Rivas // Curr. Microbiol. — 1998. — V.37. — P. 368−372.
- Ruzal, S. Osmotic strength blocks sporulation at stage II by impeding activation of early sigma factors in Bacillus subtilis / S. Ruzal, C. Lopez, E. Rivas, C. Sanchez-Rivas // Curr. Microbiol. 1998. — V. 36. — P. 75−79.
- Saier, M. H. Jr. Regulation of bacterial physiological processes by three types of protein phosphorylating systems / M. H. Jr. Saier, L. F. Wu, J. Reizer // Trends Biochem.- 1990.- V. 15.-P. 391−395.
- Sakamoto, T. Regulation of the desaturation of fatty acids and its role in tolerance to cold and salt stress / T. Sakamoto, N. Murata // Curr. Opin. Microbiol. -2002. V. 5. — P. 208−210.
- Sambrook, J. Molecular cloning: a laboratory manual / J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis. NY.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989.
- Sampath, P. Physiological and nutritional factors affecting biosynthesis of extracellular protease by Streptomyces sp. G-157 / P. Sampath, G. Chandrakasan // Microbiologica. 1998. -V. 21. — P. 55−63.
- Sanders, D. A. Identification of the site of phosphorylation of the Chemotaxis response regulator protein, CheY / D. A. Sanders, B. L. Gillece-Castro, A. M. Stock et al. //J. Biol. Chem. 1989. — V. 264. — P. 21 770−21 778.
- Scholten, M. Topology of the PhoR protein of E. coli and functional analysis of internal deletions / M. Scholten, J. Tomassen // Mol. Biol. 1993. — V. 8. — P. 269 275.
- Seki, T. Cloning and nucleotide sequence of phoP, the regulatory gene for alkaline phosphatase and phosphodiesterase in Bacillus subtilis / T. Seki, H. Yoshikawa, H. Takahashi et al. //J. Bacteriol. 1987. — V. 169. — P. 2913−2916.
- Seki, T. Nucleotide sequence of the Bacillus subtilis phoR gene / T. Seki, H. Yoshikawa, H. Takahashi et al. //J. Bacteriol. 1988. — V. 170. — P. 5935−5938.
- Serpersu, E. H. Kinetic and magnetic resonance studies of effects of genetica, substitution of a Ca -liganding amino acid in staphylococcal nuclease / E. H. Serpersu, D. Shortle, A. S. Mildran // Biochem. 1986. — V. 25. — P. 68−77.
- Setrit, Y. Expression of Serratia marcescens chitinase gene in Rhizobium meliloti during simbiosis on alfalfa roots molecular plant / Y. Setrit, Z. Barac, Y. Kapulnic et al. // Microb. Interactions. 1993. — V. 3. — P. 293−298.
- Shafikhani, S.H. Catabolite-induced repression of sporulation in Bacillus subtilis / S.H. Shafikhani, A. A. Partovi, T. Leighton // Curr. Microbiol. -2003. V. 47.-P. 300−308.
- Shapira, R. Control of plant diseases by chitinase empulsed from cloned DNA in Escherichia coli / R. Shapira, A. Ordentlich, I. Chet, A. Oppenheim // Phytopathology. 1989. -V. 79. — P. 1246−1249.
- Sharipova, M. R. Factors influencing the cellular location of proteolytic enzymes of Bacillus intermedius / M. R. Sharipova, E. V. Shakirov, L. A. Gabdrakhmanova et al. II Med. Sei. Monitor. 2000. — V. 6, N. 1. — P. 8−12.
- Shevelev, A. B. Expression of Bacillar glutamyl endopeptidase genes in Bacillus subtilis by a new mobilizable single-replicon vector pLF / A. B. Shevelev, V. V. Aleoshin, L. A. Trachuk et al. // Plasmid. 2000. — V. 43. — P. 190−199.
- Shi, L. The cytoplasmic kinase domain of PhoR is sufficient for the low phosphate-inducible expression of Pho regulon genes in Bacillus subtilis / L. Shi, F. M. Hulett // Mol. Microbiol. 1999. — V. 31. — P. 211−222.
- Shirai, T. RNase-like domain in DNA-directed RNA polymerase II / T. Shirai, M. Go // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1991. V. 88. — P. 9056−9060.
- Shulga, A. A. Cloning of the gene encoding RNase binase from Bacillus intermedius 7P / A. A. Shulga, K. M. Nurkiyanova, V. M. Zakharyev et al. // Nucleic Acids Res. 1992. — V. 20. — P. 2375.
- Shulga, A. Comparative study of binase and barnase: experience in chimeric ribonucleases / A. Shulga, F. Kurbanov, M. Kirpichnikov et al. // Protein Eng. 1998. -V. 11.-P. 775−782.
- Simonen, M. Protein secretion in Bacillus species / M. Simonen, I. Palva // Microbiol. Rev. 1993. — V. 57, N. 1. — P. 109−137.
- Sleator, R. D. Bacterial osmoadaptation: the role of osmolytes in bacterial stress and virulence / R. D. Sleator, C. Hill // FEMS Microbiol. Rev. 2001. — V. 26. -P. 49−71.
- Smith, I. The role of negative control in sporulation / I. Smith, I. Mandic-Mulec, N. Gaur // Res. Microbiol. 1991. — V. 142. — P. 831−839.
- Smith, I. Early spo gene expression in Bacillus subtilis: the role of interrelated signal transduction systems / I. Smith, E. Dubnau, M. Predich et al. // Biochimie. -1992.-V. 74.-P. 669−678.
- Smith, M. W. Expression of periplasmic binding proteins for peptide transport is subject to negative regulation by phosphate limitation in E. coli / M. W. Smith, J. W. Payne // FEMS Microbiol. Lett. 1992. — V. 79. — P. 183−190.
- Smith, B. T. Mutagenesis and more: umuDC and the Escherichia coli SOS response / B. T. Smith, G. C. Walker // Genetics. 1998. — V. 148. — P. 1599−1610.
- Sobell, H. M. AMD and DNA transcription / H. M. Sobell // Proc. Natl. Acad. Sci.USA. 1985.-V. 82, N. 16.-P. 5328−5331.
- Sonenshein, A. L. Control of sporulation initiation in Bacillus subtilis / A. L. Sonenshein // Curr. Opin. Microbiol. 2000. — V. 3. — P. 561−566.
- Spencer, D. B. Effect of cobalt on synthesis and activation of Bacillus licheniformis alkaline phosphatase / D. B. Spencer, C. P. Chen, F. M. Hulett // J. Bacterid. 1981. — V. 145. — P. 926−933.
- Spindler, K. D. Chitinase and chitosanase assays / K. D. Spindler // Chitin handbook. Grottammare: Atec, 1997. -P.229−235.
- Spormann, A. M. Gliding mutants of Myxococcus xanthus with high reversal frequencies and small displacements / A. M. Spormann, D. Kaiser // J. Bacterid. -1999.-V. 181.-P. 2593−2601.
- Spiegelman, G. Structural alterations in the Bacillus subtilis SpoOA regulatory protein which suppress mutations at several spoO loci / B. van Hoy, M. Perego, J. Day, K. Trach et al. // J. Bacterid. 1990. — V. 172. — P. 5011−5019.
- Steil, L. Genome-wide transcriptional profiling analysis of adaptation of Bacillus subtilis to high salinity / L. Steil, T. Hoffman, I. Budde, U. Volker et al. // J. Bacterid. 2003. — V. 185. — P. 6358−6370.
- Stock, J.B. Protein phosphorylation and regulation of adaptive responses in bacteria / J. B. Stock, A. J. Ninfa, A. M. Stock // Microbiol. Rev. 1989. — V. 53. — P. 450−490.
- Stock, J. B. Signal transduction in bacteria / J. B. Stock, A. M. Stock, J. M. Mottonen//Nature. 1990.-V. 344.-P. 395−400.
- Stock, A.M. Two-component signal transduction / A. M. Stock, V. L. Robinson, P. N. Goudreau // Annu. Rev. Biochem. 2000. — V. 69. — P. 183 215.
- Stragier, P. Cascades of sigma factors revised / P. Stragier, R. Losick // Mol. Microbiol. 1990. — V. 4. — P. 1801−1806.
- Stragier, P. Molecular genetics of sporulation in Bacillus subtilis / P. Stragier, R. Losick // Annu. Rev. Genet. 1996. — V. 30. — P. 297−341.
- Strauch, M. A. Transition-state regulators: sentinels of Bacillus subtilis post-exponential growth expression / M. A. Strauch, J. A. Hoch // Mol. Microbiol. 1993. -V. 7.-P. 337−342.
- Studholme, D. J. The biology of enhancer-dependent transcriptional regulation in bacteria: insights from genome sequences / D. J. Studholme, M. Buck // FEMS Microbiol. Lett. 2000. — V. 186. — P. 1−9.
- Stulke, J. Regulation of carbon catabolism in Bacillus species / J. Stulke, W. Hillen // Annu. Rev. Microbiol. 2000. — V. 54. — P. 849−880.
- Stulke, J. Control of transcription termination in bacteria by RNA-binding proteins that modulate RNA structure / J. Stulke // Arch. Microbiol. 2002. — V. 177. -P. 433−440.
- Sturme, M. H. Cell to cell communication by autoinducing peptides in grampositive bacteria / M. H. Sturme, M. Kleerebezem, J. Nakayama et al. // Antonie Van Leeuwenhoek. 2002. — V. 81. — P. 233−243.
- Suzuki, K. Chitin binding protein (CBP21) in the culture supernatant of Serratia marcescens 2170 / K. Suzuki, M. Suzuki, M. Taiyoji et al. // Biosci. Biotechnol. Biochem. 1998. — V. 62. — P. 128−135.
- Suzuki, K. The third chitinase gene (chiC) of Serratia marcescens 2170 and the relationship of its product to other bacterial chitniases / K. Suzuki, M. Taiyoji, N. Sugawara et al. // Biochem. J. 1999. — V. 343. — P. 587−596.
- Svendsen, J. The primary structure of the glutamic acid-specific protease of Streptomyces griseus / J. Svendsen, M. R. Jensen, K. Breddam // FEBS Lett. — 1991. — V. 292.-P. 165−167.
- Svendsen, J. Isolation and aminoacid sequence of a glutamic acid specific endopeptidase from Bacillus licheniformis / J. Svendsen, K. Breddam // Eur. J. Biochem. 1992. — V. 204. — P. 165−171.
- Sweetman, W. A. Induction of the SOS regulon of Haemophilus influenzae does not affect phase variation rates at tetranucleotide or dinucleotide repeats / W. A. Sweetman, E. R. Moxon, C. D. Bayliss // Microbiology. 2005. — V. 151. — P. 2751−2763.
- Szoke, P. A. Promoter recognition by Escherichia coli RNA polymerase. Effects of base substitutions in the -10 and -35 regions / P. A. Szoke, T.L.Allen, P. L. Haseth // Biochemistry. 1987. — V. 26, N. 19. — P. 6188−6194.
- Taddei, F. Genetic analysis of mutagenesis in aging Escherichia coli colonies / F. Taddei, J. A. Halliday, I. Matic, M. Radman // Mol. Gen. Genet. 1997. — V. 256. -P. 277−281.
- Tanaka, H. Glucanases and chitinases of Bacillus circulans WL-12 / H. Tanaka, T. Watanabe // J. Industrial Microbiol. 1995. — V. 14. — P. 478−483.
- Tegova, R. Involvement of error-prone DNA polymerase IV in stationary-phase mutagenesis in Pseudomonas putida / R. Tegova, A. Tover, K. Tarasova, M. Tark, M. Kivisaar // J. Bacteriol. 2004. — V. 186. — P. 2735−2744.
- Tomassen, J. Localization of phoE, the structural gene for major outer membrane protein e of Escherichia coli K-12 / J. Tomassen, B. Lugtenberg // J. Bacteriol. -1981. V. 147. — P. 118−123.
- Tomassen, J. Pho-regulon of Escherichia coli K-12: a minireview / J. Tomassen, B. Lugtenberg // Ann. Microbiol. 1982. — V. 133A. — P. 243−249.
- Torriani, A. Influence of inorganic phosphate in the formation of phosphatases by Escherichia coli / A. Torriani // Biochem. Biophys. Acta. 1960. — V. 38. — P. 460−479.
- Trang, P. A ribozyme derived from the catalytic subunit of RNase P from Escherichia coli is highly effective in inhibiting replication of herpes simplex virus / P. Trang, A.F. Kilani, J. Kim, F. Liu // J. Mol. Biol. 2000. — V. 301. — P. 817−826.
- Travers, A. DNA binding and linking sequence dependence and function /
- A. Travers // Curr. Opin. Struct. Biol. -1991. V. 1. — P. 114−122.
- Tronsmo, A. Detection and quantification of N-acetyl-?-D-glucosaminidase, chitobiosidase and endochitinase in solution and on gels / A. Tronsmo, G. Harman // Annal. Biochem. 1993. — V. 208. — P. 74−79.
- B. L. Wanner et al. // J Bacteriol. 1996. — V. 178. — P. 4344−4366.
- Velkov, V.V. How environmental factors regulate mutagenesis and gene transfer in microorganisms / V.V.Velkov // J. Biosci. 1999. — V. 24. — P. 529−559.
- Volker, U. Separate mechanisms activate oB of Bacillus subtilis in response to environmental and metabolic stresses / U. Volker, A. Volker, M. Maul, A. Hecker et al. //J. Bacteriol. 1995. — V. 177. — P. 3771−3780.
- Volker, U. Reactivation of the Bacillus subtilis anti-cB antagonist, RsbV, by stress- or starvation-induced phosphatase activities / U. Volker, A. Volker, W. G. Haldenwang // J. Bacteriol. 1996. — V. 178. — P. 5456−5463.
- Volker, U. Expression of the cB-dependent general stress regulon confers multiple stress resistance in Bacillus subtilis / U. Volker, B. Maul, M. Hecker // J. Bacteriol. 1999. — V. 181. — P. 3942−3948.
- Vorgias, E. Overproduction of the recombinant chitinase A from Serratia marcescens in E. coli: purification, biochemical and biophysical characterization / E. Vorgias // Chitin handbook. Grottammare: Atec, 1997. — P. 353−358.
- Wackett, L. P. Involvement of the phosphate regulon and psiD locus in the carbon-phosphorus lyase activity of Escherichia coli K12 / L. P. Wackett, B. L. Wanner, C. P. Venditti, C. T. Walsh // J. Bacteriol. 1987. — V. 169. — P. 17 531 756.
- Wagner, J. Escherichia coli DNA polymerase IV mutator activity: genetic requirements and mutational specificity / J. Wagner, T. Nohmi // J. Bacteriol. 2000. -V. 182.-P. 4587−4595.
- Walker, G. C. The SOS-response of E. coli / G. C. Walker // Escherichia coli and Salmonella typhimurium: cellular and molecular biology. Washington, 1987. — P. 1346−1357.
- Wang, Y. Nucleotide sequence of a chromosomal mercury resistance determinant from a Bacillus sp. with broad-spectrum mercury resistance / Y. Wang, M. Moore, H. S. M. Levinson et al. // J. Bacteriol. 1989. — V. 171. — P. 83−92.
- Wanner, B. L. Mutants affected in alkaline phosphatase expression: evidence for multiple positive regulators of the phosphate regulon in Escherichia coli / B. L. Wanner, P. Latterell // Genetics. 1980. — V. 96. — P. 353−366.
- Wanner, B.L. Overlapping and separate controls on the phosphate regulon in Escherichia coli K-12 / B. L. Wanner // J. Mol. Biol. 1983. — V. 166. — P. 283−308.
- Wanner, B.L. Control of PhoR-dependent bacterial alkaline phosphatase clonal variation by the phoM region / B. L. Wanner // J. Bacteriol. 1987. — V. 169, N. 2.-P. 900−903.
- Wanner, B. L. The phoBR operon in Escherichia coli K-12 / B. L. Wanner, B.-D. Chang // J. Bacteriol. 1987. — V. 169. — P. 5569−5574.
- Wanner, B. L. Minireview: is cross regulation by phosphorylation of two-component response regulator proteins important in bacteria? / B. L. Wanner // J. Bacteriol. 1992. — V. 174. — P. 2053−2058.
- Wanner, B. L. Gene regulation by phosphate in Enteric bacteria / B. L. Wanner // J. Cell. Biochem. 1993. — V. 51. — P. 47−54.
- Watanabe, T. Chitinase system of Bacillus circulans WL-12 and importance of chitinase Al in chitin degradation / T. Watanabe, W. Oyanagi, K. Suzuki, H. Tanaka // J. Bacteriol. 1990. — V. 172. — P. 4017−4022.
- Watanabe, T. Genetic analysis of the chitinase system of Serratia marcescens 2170 / T. Watanabe, K. Kimura, T. Simiya et al. // J. Bacteriol. 1997. — V. 179. — P. 7111−7117.
- Weber, M. H. Coping with the cold: the cold shock response in the Grampositive soil bacterium Bacillus subtilis / M. H. Weber, M. A. Marahiel // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2002. — V. 357. — P. 895−907.
- Welker, N. E. Comparison of the alpha-amylase of Bacillus subtilis and B. amyloliquefaciens / N. E. Welker, L. L. Campbell // J. Bacteriol. 1967. — V. 94. -P.1131−1135.
- Wendrich, T. M. Characterization of the relA/spoT gene from Bacillus stearothermophilus / T. M. Wendrich, C. L. Beckering, M. A. Marahiel // FEMS Microbiol. Lett.-2000.-V. 190.-P. 195−201.
- West, A. H. Histidine kinases and response regulator proteins in two-component signaling systems / A. H. West, A. M. Stock // Trends Biochem. Sci. -2001.-V. 26.-P. 369−376.
- Widenhorn, K. A. Genetic regulation of the tricarboxylate transport operon (ictl) of Salmonella typhimurium / K. A. Widenhorn, J. M. Somers, W. W. Kay // J. Bacteriol. 1989. — V. 171. — P. 4436−4441.
- Wigneshweraraj, S.R. Conservation of sigma-core RNA polymerase proximity relationships between the enhancer-independent and enhancer-dependent sigma classes / S. R. Wigneshweraraj, N. Fujita, A. Ishihama, M. Buck // EMBO. -2000.-V. 19.-P. 3038−3048.
- Willimsky, G. Characterization of cspB, a Bacillus subtilis inducible cold shock gene affecting cell viability at low temperatures / G. Willimsky, H. Bang, G. Fischer, M. A. Marahiel // J.Bacteriol. 1992. — V. 174. — P. 6326−6335.
- Willsky, G. R. Control of the synthesis of alkaline phosphatase and the phosphate-binding protein in Escherichia coli / G. R. Willsky, M. N. Malamy // J. Bacteriol. 1976. — V. 127. — P. 595−609.
- Winkler, M. E. Genetic and physical analysis of Caulobacter crescentus trp genes / M. E. Winkler, P. V. Schoenlin, C. M. Ross et al. // J. Bacteriol. 1984 — V. 160, N. 1.-P. 279−287.
- Whatmore, A. M. Determination of turgor pressure in Bacillus subtilis: a possible role for K+ in turgor regulation / A. M. Whatmore, R. H. Reed // J. Gen. Microbiol. 1990. — V. 136. — P. 2521−2526.
- Whatmore, A. M. The effects of osmotic upshock on the intracellular solute pools of Bacillus subtilis / A. M. Whatmore, J. A. Chudek, R. H. Reed // J. Gen. Microbiol. -1990. V. 136. — P. 2527−2535.
- Wosten, M. M. Eubacterial sigma-factors / M. M. Wosten // FEMS Microbiol. Rev.-1998.-V. 22.-P. 127−150.
- Yakovlev, G. I. Mutational analysis of the active site of RNase of Bacillus intermedius (BINASE) / G. I. Yakovlev, G. P. Moiseyev, N. K. Struminskaya et al. // FEBS Lett. 1994. — V. 354. — P. 305−306.
- Yakovlev, G. I. Dissociation constants and thermal stability of complexes of B. intermedius RNase and the protein inhibitor of B. amyloliquefaciens RNase /
- G. I. Yakovlev, G. P. Moiseev, 1.1. Protasevich et al. II FEBS Lett. 1995. — V. 366. -P. 156−158.
- Yakovlev, G. I. Single-stranded-preferring RNases degrade double-stranded RNAs by destabilizing its secondary structure / G. I. Yakovlev, G. P. Moiseev, S. Sorrentino et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1997. — V. 15. — P. 243−250.
- Yakovlev, G. I. Contribution of arginine-82 and arginine-86 to catalysis of RNases from Bacillus intermedius (binase) / G. I. Yakovlev, N. K. Struminskaya, L. V. Kipenskaya et al. II FEBS Lett. 1998. — V. 428. — P. 57−58.
- Yamada, H. Convenient synthesis of glycolchitin a substrate of lysozyme /
- H. Yamada, T. A. Imoto // Carbohydr. Res. 1981. — V. 92. — P. 160−162.
- Yamane, K. Alkaline phosphatese processing, alkaline phosphodiesterase activity and other phosphodiesterases in Bacillus subtilis / K. Yamane, B. Maruo // J. Bacteriol. 1987. — V. 134. — P. 108−114.
- Yancey, P. Living with water stress: evolution of osmolyte systems / P. Yancey, M. Clark, S. Hand et al. // Science. 1982. — V. 217. — P. 1214−1222.
- Yokoi, K. Genetic and biochemical characterization of glutamyl edopeptidase of Staphylococcus warneri M / K. Yokoi, M. Kakikawa, H. Kimoto et al. II Gene. -2001.-V. 281.-P. 115−122.
- Yoshikawa, H. Revised assignment for the Bacillus subtilis spoOF gene and its homology with spoOA and with two Escherichia coli genes / H. Yoshikawa, J. Kazami, S. Yamashita et al. // Nucleic Acids Res. 1986. — V. 14. — P. 1063−1072.
- Yoshikawa, K. Purification, characterization and gene cloning of a novel glutamic acid-specific endopeptidase from Staphylococcus aureus ATCC 12 600 / K. Yoshikawa, H. Tsuzuki, T. Fujiwara et al. // Biochim. Biophys. Acta. 1992. — V. 1121.-P. 221−228.
- Young, B. A. Views of transcription initiation / B. A. Young, T. M. Gruber, C. A. Gross // Cell. 2002. — V. 109. — P. 417−420.
- Young, M. E. Kinetics of chitinase production. I Chitin hydrolysis. II Relationship between bacterial growth, chitin hydrolysis and enzyme synthesis / M.E.Young, R.L.Bell, P.A.Carroad // Biotechnol. Bioeng. 1985. — V. 27. -P. 769−780.
- Zgurskaya, H. The as level in starving Escherichia coli cells increases solely as a result of its increased stability, despite decreased synthesis / H. Zgurskaya, M. Keyhan, A. Matin // Mol. Microbiol. 1997. — V. 24. — P. 643−651.
- Zheng, Y. Production of extracellular protease from crude substrates with dregs in an external-loop airlift bioreactor with lower ratio of height to diameter / Y. Zheng, W. Zhao, X. Chen et al. // Biotechnol. Prog. 2001. — V. 17. — P. 273−277.
- Zhou, L. Phenotype microarray analysis of Escherichia coli K-12 mutants with deletions of all two-component systems / L. Zhou, X. H. Lei, B. R. Bochner, B. L. Wanner // J. Bacteriol. 2003. — V. 185. — P. 4956−4972.
- Znamenskaya, L. V. Phosphate regulation of biosynthesis of extracellular RNases of endospore-forming bacteria / L. V. Znamenskaya, L. A. Gabdrakhmanova, E. B. Chernokalskaya et al. // FEBS Lett. 1995. — V. 357. — P. 16−18.